# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.9.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.9.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 3539732 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 3414848 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 124884 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 2275589 1139259 2.00 2275589 1139259 2.00 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 341242 234002 107240 13598 0 0 13598 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 2763255 1838116 925139 61546 0 0 61546 AF 0 0.003597 131447 89315 42132 8032 0 0 8032 AF 0 0.007194 66064 44596 21468 4796 0 0 4796 AF 0 0.010791 38851 26185 12666 2942 0 0 2942 AF 0 0.014388 26924 18163 8761 2102 0 0 2102 AF 0 0.017986 19542 13168 6374 1550 0 0 1550 AF 0 0.021583 15228 10374 4854 1327 0 0 1327 AF 0 0.025180 12647 8462 4185 1104 0 0 1104 AF 0 0.028777 10372 6956 3416 927 0 0 927 AF 0 0.032374 9541 6445 3096 822 0 0 822 AF 0 0.035971 8111 5387 2724 728 0 0 728 AF 0 0.039568 6719 4515 2204 620 0 0 620 AF 0 0.043165 6804 4590 2214 615 0 0 615 AF 0 0.046763 5916 3937 1979 580 0 0 580 AF 0 0.050360 6012 3948 2064 574 0 0 574 AF 0 0.053957 5614 3745 1869 563 0 0 563 AF 0 0.057554 4810 3267 1543 432 0 0 432 AF 0 0.061151 4423 2936 1487 461 0 0 461 AF 0 0.064748 4692 3134 1558 414 0 0 414 AF 0 0.068345 4227 2818 1409 446 0 0 446 AF 0 0.071942 3794 2530 1264 399 0 0 399 AF 0 0.075540 4186 2800 1386 418 0 0 418 AF 0 0.079137 4002 2647 1355 388 0 0 388 AF 0 0.082734 3695 2477 1218 399 0 0 399 AF 0 0.086331 3757 2511 1246 394 0 0 394 AF 0 0.089928 3641 2410 1231 378 0 0 378 AF 0 0.093525 3261 2162 1099 324 0 0 324 AF 0 0.097122 3236 2111 1125 337 0 0 337 AF 0 0.100719 3160 2099 1061 351 0 0 351 AF 0 0.104317 2828 1896 932 312 0 0 312 AF 0 0.107914 3099 2083 1016 345 0 0 345 AF 0 0.111511 3078 2016 1062 320 0 0 320 AF 0 0.115108 2514 1666 848 275 0 0 275 AF 0 0.118705 2335 1564 771 291 0 0 291 AF 0 0.122302 2583 1696 887 261 0 0 261 AF 0 0.125899 2493 1665 828 262 0 0 262 AF 0 0.129496 2364 1588 776 265 0 0 265 AF 0 0.133094 2301 1572 729 253 0 0 253 AF 0 0.136691 2331 1603 728 297 0 0 297 AF 0 0.140288 2390 1552 838 287 0 0 287 AF 0 0.143885 2342 1593 749 249 0 0 249 AF 0 0.147482 2230 1480 750 244 0 0 244 AF 0 0.151079 2402 1621 781 268 0 0 268 AF 0 0.154676 2294 1497 797 254 0 0 254 AF 0 0.158273 2186 1444 742 265 0 0 265 AF 0 0.161871 2192 1439 753 246 0 0 246 AF 0 0.165468 2172 1441 731 239 0 0 239 AF 0 0.169065 2081 1337 744 245 0 0 245 AF 0 0.172662 1892 1255 637 230 0 0 230 AF 0 0.176259 1858 1255 603 237 0 0 237 AF 0 0.179856 1790 1162 628 182 0 0 182 AF 0 0.183453 1570 1023 547 185 0 0 185 AF 0 0.187050 1637 1094 543 214 0 0 214 AF 0 0.190647 1516 1012 504 205 0 0 205 AF 0 0.194245 1659 1103 556 198 0 0 198 AF 0 0.197842 1715 1145 570 182 0 0 182 AF 0 0.201439 1749 1157 592 227 0 0 227 AF 0 0.205036 1593 1066 527 183 0 0 183 AF 0 0.208633 1638 1093 545 206 0 0 206 AF 0 0.212230 1815 1221 594 197 0 0 197 AF 0 0.215827 1661 1100 561 212 0 0 212 AF 0 0.219424 1639 1092 547 225 0 0 225 AF 0 0.223022 1545 1035 510 173 0 0 173 AF 0 0.226619 1474 975 499 175 0 0 175 AF 0 0.230216 1508 988 520 194 0 0 194 AF 0 0.233813 1677 1132 545 208 0 0 208 AF 0 0.237410 1594 1081 513 244 0 0 244 AF 0 0.241007 1495 1033 462 187 0 0 187 AF 0 0.244604 1422 931 491 169 0 0 169 AF 0 0.248201 1576 1008 568 200 0 0 200 AF 0 0.251799 1493 966 527 202 0 0 202 AF 0 0.255396 1332 898 434 191 0 0 191 AF 0 0.258993 1335 887 448 186 0 0 186 AF 0 0.262590 1449 942 507 206 0 0 206 AF 0 0.266187 1394 926 468 167 0 0 167 AF 0 0.269784 1202 804 398 171 0 0 171 AF 0 0.273381 1508 983 525 192 0 0 192 AF 0 0.276978 1421 939 482 172 0 0 172 AF 0 0.280576 1481 1005 476 184 0 0 184 AF 0 0.284173 1516 986 530 204 0 0 204 AF 0 0.287770 1316 865 451 155 0 0 155 AF 0 0.291367 1202 792 410 176 0 0 176 AF 0 0.294964 1319 890 429 176 0 0 176 AF 0 0.298561 1243 837 406 181 0 0 181 AF 0 0.302158 1338 892 446 165 0 0 165 AF 0 0.305755 1337 905 432 161 0 0 161 AF 0 0.309353 1211 819 392 150 0 0 150 AF 0 0.312950 1128 753 375 152 0 0 152 AF 0 0.316547 1094 719 375 155 0 0 155 AF 0 0.320144 1205 812 393 179 0 0 179 AF 0 0.323741 1260 841 419 137 0 0 137 AF 0 0.327338 1115 764 351 159 0 0 159 AF 0 0.330935 1092 728 364 148 0 0 148 AF 0 0.334532 1035 681 354 133 0 0 133 AF 0 0.338129 1028 684 344 149 0 0 149 AF 0 0.341727 1157 784 373 138 0 0 138 AF 0 0.345324 1186 799 387 162 0 0 162 AF 0 0.348921 989 667 322 134 0 0 134 AF 0 0.352518 1013 656 357 169 0 0 169 AF 0 0.356115 1034 677 357 150 0 0 150 AF 0 0.359712 1038 708 330 126 0 0 126 AF 0 0.363309 917 622 295 147 0 0 147 AF 0 0.366906 956 643 313 141 0 0 141 AF 0 0.370504 1011 690 321 122 0 0 122 AF 0 0.374101 1037 692 345 156 0 0 156 AF 0 0.377698 975 654 321 144 0 0 144 AF 0 0.381295 1040 701 339 121 0 0 121 AF 0 0.384892 887 583 304 142 0 0 142 AF 0 0.388489 955 617 338 133 0 0 133 AF 0 0.392086 907 599 308 137 0 0 137 AF 0 0.395683 778 532 246 153 0 0 153 AF 0 0.399281 833 535 298 120 0 0 120 AF 0 0.402878 911 614 297 142 0 0 142 AF 0 0.406475 912 593 319 128 0 0 128 AF 0 0.410072 883 591 292 126 0 0 126 AF 0 0.413669 797 521 276 130 0 0 130 AF 0 0.417266 849 585 264 126 0 0 126 AF 0 0.420863 941 628 313 142 0 0 142 AF 0 0.424460 872 577 295 116 0 0 116 AF 0 0.428058 840 576 264 125 0 0 125 AF 0 0.431655 772 485 287 132 0 0 132 AF 0 0.435252 859 585 274 126 0 0 126 AF 0 0.438849 807 515 292 132 0 0 132 AF 0 0.442446 773 511 262 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