# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.22.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.22.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 1096476 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 1055454 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 41022 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 746045 309409 2.41 746045 309409 2.41 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 108217 78697 29520 4509 0 0 4509 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 845143 596863 248280 19439 0 0 19439 AF 0 0.003597 41448 29686 11762 2557 0 0 2557 AF 0 0.007194 21241 15096 6145 1454 0 0 1454 AF 0 0.010791 13331 9588 3743 1001 0 0 1001 AF 0 0.014388 8581 6107 2474 688 0 0 688 AF 0 0.017986 6694 4704 1990 555 0 0 555 AF 0 0.021583 5152 3686 1466 454 0 0 454 AF 0 0.025180 4435 3097 1338 374 0 0 374 AF 0 0.028777 3277 2279 998 287 0 0 287 AF 0 0.032374 3273 2274 999 281 0 0 281 AF 0 0.035971 3041 2166 875 288 0 0 288 AF 0 0.039568 2305 1658 647 224 0 0 224 AF 0 0.043165 2159 1531 628 207 0 0 207 AF 0 0.046763 2326 1656 670 214 0 0 214 AF 0 0.050360 1907 1344 563 169 0 0 169 AF 0 0.053957 1667 1176 491 147 0 0 147 AF 0 0.057554 1657 1199 458 155 0 0 155 AF 0 0.061151 1784 1259 525 168 0 0 168 AF 0 0.064748 1566 1121 445 144 0 0 144 AF 0 0.068345 1296 915 381 135 0 0 135 AF 0 0.071942 1280 894 386 128 0 0 128 AF 0 0.075540 1152 815 337 148 0 0 148 AF 0 0.079137 1170 822 348 119 0 0 119 AF 0 0.082734 1163 817 346 133 0 0 133 AF 0 0.086331 1123 797 326 133 0 0 133 AF 0 0.089928 937 673 264 99 0 0 99 AF 0 0.093525 1021 754 267 115 0 0 115 AF 0 0.097122 936 675 261 123 0 0 123 AF 0 0.100719 888 645 243 113 0 0 113 AF 0 0.104317 879 634 245 111 0 0 111 AF 0 0.107914 866 601 265 99 0 0 99 AF 0 0.111511 900 637 263 95 0 0 95 AF 0 0.115108 848 592 256 88 0 0 88 AF 0 0.118705 811 569 242 93 0 0 93 AF 0 0.122302 810 565 245 84 0 0 84 AF 0 0.125899 761 535 226 91 0 0 91 AF 0 0.129496 706 486 220 92 0 0 92 AF 0 0.133094 773 543 230 99 0 0 99 AF 0 0.136691 750 532 218 93 0 0 93 AF 0 0.140288 852 616 236 100 0 0 100 AF 0 0.143885 702 502 200 75 0 0 75 AF 0 0.147482 747 529 218 101 0 0 101 AF 0 0.151079 803 572 231 101 0 0 101 AF 0 0.154676 743 512 231 101 0 0 101 AF 0 0.158273 694 473 221 82 0 0 82 AF 0 0.161871 596 450 146 85 0 0 85 AF 0 0.165468 645 465 180 65 0 0 65 AF 0 0.169065 569 412 157 76 0 0 76 AF 0 0.172662 585 423 162 72 0 0 72 AF 0 0.176259 623 455 168 76 0 0 76 AF 0 0.179856 636 443 193 85 0 0 85 AF 0 0.183453 687 474 213 102 0 0 102 AF 0 0.187050 555 393 162 92 0 0 92 AF 0 0.190647 565 404 161 74 0 0 74 AF 0 0.194245 519 356 163 79 0 0 79 AF 0 0.197842 528 373 155 73 0 0 73 AF 0 0.201439 577 408 169 82 0 0 82 AF 0 0.205036 540 384 156 79 0 0 79 AF 0 0.208633 573 413 160 66 0 0 66 AF 0 0.212230 464 304 160 65 0 0 65 AF 0 0.215827 435 301 134 71 0 0 71 AF 0 0.219424 462 320 142 62 0 0 62 AF 0 0.223022 470 321 149 71 0 0 71 AF 0 0.226619 464 311 153 69 0 0 69 AF 0 0.230216 523 368 155 56 0 0 56 AF 0 0.233813 468 327 141 67 0 0 67 AF 0 0.237410 463 319 144 67 0 0 67 AF 0 0.241007 394 267 127 65 0 0 65 AF 0 0.244604 486 330 156 67 0 0 67 AF 0 0.248201 522 376 146 65 0 0 65 AF 0 0.251799 423 307 116 60 0 0 60 AF 0 0.255396 473 340 133 68 0 0 68 AF 0 0.258993 422 289 133 74 0 0 74 AF 0 0.262590 394 286 108 57 0 0 57 AF 0 0.266187 386 277 109 71 0 0 71 AF 0 0.269784 323 235 88 56 0 0 56 AF 0 0.273381 412 285 127 49 0 0 49 AF 0 0.276978 397 276 121 75 0 0 75 AF 0 0.280576 363 257 106 51 0 0 51 AF 0 0.284173 407 285 122 75 0 0 75 AF 0 0.287770 394 273 121 50 0 0 50 AF 0 0.291367 542 378 164 71 0 0 71 AF 0 0.294964 466 342 124 70 0 0 70 AF 0 0.298561 451 337 114 55 0 0 55 AF 0 0.302158 391 292 99 61 0 0 61 AF 0 0.305755 426 285 141 59 0 0 59 AF 0 0.309353 350 258 92 57 0 0 57 AF 0 0.312950 404 289 115 56 0 0 56 AF 0 0.316547 401 283 118 65 0 0 65 AF 0 0.320144 382 264 118 62 0 0 62 AF 0 0.323741 384 268 116 75 0 0 75 AF 0 0.327338 425 294 131 54 0 0 54 AF 0 0.330935 386 266 120 77 0 0 77 AF 0 0.334532 387 266 121 49 0 0 49 AF 0 0.338129 456 319 137 61 0 0 61 AF 0 0.341727 417 289 128 68 0 0 68 AF 0 0.345324 392 264 128 68 0 0 68 AF 0 0.348921 405 279 126 51 0 0 51 AF 0 0.352518 356 256 100 49 0 0 49 AF 0 0.356115 321 238 83 49 0 0 49 AF 0 0.359712 353 260 93 55 0 0 55 AF 0 0.363309 398 301 97 62 0 0 62 AF 0 0.366906 344 240 104 61 0 0 61 AF 0 0.370504 362 245 117 60 0 0 60 AF 0 0.374101 387 248 139 46 0 0 46 AF 0 0.377698 351 251 100 66 0 0 66 AF 0 0.381295 361 244 117 54 0 0 54 AF 0 0.384892 356 248 108 49 0 0 49 AF 0 0.388489 326 231 95 58 0 0 58 AF 0 0.392086 381 275 106 54 0 0 54 AF 0 0.395683 351 250 101 51 0 0 51 AF 0 0.399281 287 186 101 46 0 0 46 AF 0 0.402878 295 210 85 63 0 0 63 AF 0 0.406475 261 184 77 39 0 0 39 AF 0 0.410072 249 168 81 40 0 0 40 AF 0 0.413669 226 165 61 37 0 0 37 AF 0 0.417266 258 178 80 46 0 0 46 AF 0 0.420863 283 204 79 50 0 0 50 AF 0 0.424460 316 234 82 50 0 0 50 AF 0 0.428058 272 188 84 37 0 0 37 AF 0 0.431655 269 187 82 48 0 0 48 AF 0 0.435252 270 188 82 41 0 0 41 AF 0 0.438849 284 198 86 42 0 0 42 AF 0 0.442446 382 275 107 55 0 0 55 AF 0 0.446043 243 172 71 46 0 0 46 AF 0 0.449640 289 201 88 41 0 0 41 AF 0 0.453237 233 163 70 53 0 0 53 AF 0 0.456835 251 175 76 51 0 0 51 AF 0 0.460432 238 167 71 43 0 0 43 AF 0 0.464029 245 181 64 31 0 0 31 AF 0 0.467626 259 183 76 30 0 0 30 AF 0 0.471223 243 180 63 48 0 0 48 AF 0 0.474820 257 196 61 42 0 0 42 AF 0 0.478417 277 208 69 37 0 0 37 AF 0 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