# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.21.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.21.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 1098421 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 1054447 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 43974 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 720447 334000 2.16 720447 334000 2.16 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 107872 75967 31905 4773 0 0 4773 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 842979 575167 267812 21003 0 0 21003 AF 0 0.003597 42504 29615 12889 2940 0 0 2940 AF 0 0.007194 20726 14383 6343 1591 0 0 1591 AF 0 0.010791 12489 8695 3794 1039 0 0 1039 AF 0 0.014388 8564 5921 2643 771 0 0 771 AF 0 0.017986 5967 4125 1842 520 0 0 520 AF 0 0.021583 4703 3238 1465 426 0 0 426 AF 0 0.025180 3838 2666 1172 367 0 0 367 AF 0 0.028777 3720 2521 1199 322 0 0 322 AF 0 0.032374 2751 1867 884 241 0 0 241 AF 0 0.035971 2458 1681 777 227 0 0 227 AF 0 0.039568 2175 1504 671 210 0 0 210 AF 0 0.043165 1990 1386 604 216 0 0 216 AF 0 0.046763 1827 1216 611 184 0 0 184 AF 0 0.050360 1659 1139 520 170 0 0 170 AF 0 0.053957 1432 984 448 138 0 0 138 AF 0 0.057554 1470 1016 454 160 0 0 160 AF 0 0.061151 1308 903 405 140 0 0 140 AF 0 0.064748 1202 819 383 141 0 0 141 AF 0 0.068345 1195 794 401 100 0 0 100 AF 0 0.071942 1226 810 416 128 0 0 128 AF 0 0.075540 1270 872 398 131 0 0 131 AF 0 0.079137 1248 849 399 110 0 0 110 AF 0 0.082734 1052 697 355 131 0 0 131 AF 0 0.086331 979 682 297 112 0 0 112 AF 0 0.089928 920 647 273 124 0 0 124 AF 0 0.093525 1143 777 366 108 0 0 108 AF 0 0.097122 1085 745 340 122 0 0 122 AF 0 0.100719 984 674 310 109 0 0 109 AF 0 0.104317 1033 745 288 107 0 0 107 AF 0 0.107914 876 585 291 99 0 0 99 AF 0 0.111511 856 570 286 95 0 0 95 AF 0 0.115108 947 664 283 100 0 0 100 AF 0 0.118705 784 552 232 90 0 0 90 AF 0 0.122302 890 610 280 102 0 0 102 AF 0 0.125899 821 543 278 100 0 0 100 AF 0 0.129496 692 497 195 87 0 0 87 AF 0 0.133094 751 522 229 71 0 0 71 AF 0 0.136691 776 528 248 92 0 0 92 AF 0 0.140288 766 514 252 78 0 0 78 AF 0 0.143885 699 485 214 92 0 0 92 AF 0 0.147482 754 512 242 83 0 0 83 AF 0 0.151079 811 549 262 79 0 0 79 AF 0 0.154676 733 508 225 76 0 0 76 AF 0 0.158273 715 484 231 95 0 0 95 AF 0 0.161871 805 571 234 86 0 0 86 AF 0 0.165468 760 520 240 101 0 0 101 AF 0 0.169065 701 477 224 86 0 0 86 AF 0 0.172662 684 502 182 82 0 0 82 AF 0 0.176259 547 377 170 84 0 0 84 AF 0 0.179856 552 374 178 67 0 0 67 AF 0 0.183453 538 375 163 78 0 0 78 AF 0 0.187050 558 392 166 62 0 0 62 AF 0 0.190647 559 370 189 63 0 0 63 AF 0 0.194245 592 392 200 80 0 0 80 AF 0 0.197842 640 451 189 82 0 0 82 AF 0 0.201439 528 347 181 71 0 0 71 AF 0 0.205036 538 369 169 83 0 0 83 AF 0 0.208633 500 337 163 65 0 0 65 AF 0 0.212230 481 338 143 70 0 0 70 AF 0 0.215827 403 256 147 60 0 0 60 AF 0 0.219424 551 402 149 52 0 0 52 AF 0 0.223022 446 299 147 68 0 0 68 AF 0 0.226619 460 286 174 73 0 0 73 AF 0 0.230216 519 367 152 62 0 0 62 AF 0 0.233813 466 307 159 72 0 0 72 AF 0 0.237410 416 266 150 62 0 0 62 AF 0 0.241007 464 304 160 59 0 0 59 AF 0 0.244604 477 317 160 61 0 0 61 AF 0 0.248201 490 340 150 68 0 0 68 AF 0 0.251799 488 330 158 59 0 0 59 AF 0 0.255396 400 288 112 46 0 0 46 AF 0 0.258993 497 329 168 60 0 0 60 AF 0 0.262590 410 272 138 51 0 0 51 AF 0 0.266187 421 284 137 62 0 0 62 AF 0 0.269784 433 285 148 68 0 0 68 AF 0 0.273381 468 316 152 60 0 0 60 AF 0 0.276978 373 254 119 61 0 0 61 AF 0 0.280576 542 389 153 71 0 0 71 AF 0 0.284173 460 302 158 61 0 0 61 AF 0 0.287770 496 334 162 72 0 0 72 AF 0 0.291367 385 263 122 59 0 0 59 AF 0 0.294964 432 300 132 54 0 0 54 AF 0 0.298561 396 267 129 68 0 0 68 AF 0 0.302158 363 244 119 58 0 0 58 AF 0 0.305755 376 243 133 58 0 0 58 AF 0 0.309353 337 238 99 42 0 0 42 AF 0 0.312950 307 221 86 43 0 0 43 AF 0 0.316547 387 262 125 44 0 0 44 AF 0 0.320144 320 232 88 52 0 0 52 AF 0 0.323741 385 267 118 50 0 0 50 AF 0 0.327338 365 244 121 56 0 0 56 AF 0 0.330935 377 260 117 51 0 0 51 AF 0 0.334532 334 232 102 59 0 0 59 AF 0 0.338129 371 247 124 57 0 0 57 AF 0 0.341727 377 243 134 41 0 0 41 AF 0 0.345324 448 311 137 61 0 0 61 AF 0 0.348921 370 242 128 62 0 0 62 AF 0 0.352518 324 235 89 50 0 0 50 AF 0 0.356115 423 299 124 71 0 0 71 AF 0 0.359712 449 305 144 66 0 0 66 AF 0 0.363309 397 267 130 62 0 0 62 AF 0 0.366906 383 256 127 50 0 0 50 AF 0 0.370504 443 296 147 43 0 0 43 AF 0 0.374101 438 292 146 48 0 0 48 AF 0 0.377698 346 252 94 39 0 0 39 AF 0 0.381295 325 226 99 60 0 0 60 AF 0 0.384892 322 235 87 44 0 0 44 AF 0 0.388489 336 220 116 46 0 0 46 AF 0 0.392086 279 189 90 42 0 0 42 AF 0 0.395683 352 232 120 55 0 0 55 AF 0 0.399281 331 228 103 42 0 0 42 AF 0 0.402878 291 200 91 45 0 0 45 AF 0 0.406475 376 261 115 51 0 0 51 AF 0 0.410072 318 222 96 49 0 0 49 AF 0 0.413669 288 205 83 56 0 0 56 AF 0 0.417266 303 190 113 54 0 0 54 AF 0 0.420863 387 255 132 48 0 0 48 AF 0 0.424460 322 221 101 52 0 0 52 AF 0 0.428058 289 210 79 45 0 0 45 AF 0 0.431655 271 182 89 57 0 0 57 AF 0 0.435252 284 201 83 54 0 0 54 AF 0 0.438849 286 201 85 41 0 0 41 AF 0 0.442446 268 188 80 39 0 0 39 AF 0 0.446043 276 199 77 48 0 0 48 AF 0 0.449640 281 182 99 52 0 0 52 AF 0 0.453237 331 230 101 46 0 0 46 AF 0 0.456835 342 229 113 43 0 0 43 AF 0 0.460432 278 188 90 47 0 0 47 AF 0 0.464029 249 166 83 45 0 0 45 AF 0 0.467626 256 182 74 41 0 0 41 AF 0 0.471223 259 176 83 43 0 0 43 AF 0 0.474820 266 167 99 47 0 0 47 AF 0 0.478417 257 184 73 46 0 0 46 AF 0 0.482014 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