# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.20.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.20.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 1802630 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 1739315 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 63315 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1209710 529605 2.28 1209710 529605 2.28 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 172971 123512 49459 6911 0 0 6911 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 1409938 978582 431356 31342 0 0 31342 AF 0 0.003597 68333 48523 19810 4173 0 0 4173 AF 0 0.007194 33837 24050 9787 2502 0 0 2502 AF 0 0.010791 20834 14651 6183 1550 0 0 1550 AF 0 0.014388 13690 9572 4118 1086 0 0 1086 AF 0 0.017986 10694 7565 3129 896 0 0 896 AF 0 0.021583 8000 5649 2351 643 0 0 643 AF 0 0.025180 5946 4181 1765 541 0 0 541 AF 0 0.028777 4772 3342 1430 414 0 0 414 AF 0 0.032374 4424 3163 1261 399 0 0 399 AF 0 0.035971 3772 2605 1167 307 0 0 307 AF 0 0.039568 3380 2331 1049 312 0 0 312 AF 0 0.043165 3327 2302 1025 308 0 0 308 AF 0 0.046763 2778 1925 853 220 0 0 220 AF 0 0.050360 2652 1831 821 272 0 0 272 AF 0 0.053957 2337 1662 675 234 0 0 234 AF 0 0.057554 2384 1629 755 229 0 0 229 AF 0 0.061151 2134 1517 617 208 0 0 208 AF 0 0.064748 1923 1368 555 176 0 0 176 AF 0 0.068345 1961 1399 562 196 0 0 196 AF 0 0.071942 1958 1396 562 204 0 0 204 AF 0 0.075540 1943 1362 581 187 0 0 187 AF 0 0.079137 1777 1268 509 169 0 0 169 AF 0 0.082734 1828 1219 609 170 0 0 170 AF 0 0.086331 1698 1167 531 199 0 0 199 AF 0 0.089928 1568 1098 470 142 0 0 142 AF 0 0.093525 1451 1028 423 159 0 0 159 AF 0 0.097122 1401 972 429 186 0 0 186 AF 0 0.100719 1562 1101 461 174 0 0 174 AF 0 0.104317 1304 917 387 139 0 0 139 AF 0 0.107914 1330 925 405 123 0 0 123 AF 0 0.111511 1326 933 393 155 0 0 155 AF 0 0.115108 1268 891 377 140 0 0 140 AF 0 0.118705 1157 841 316 127 0 0 127 AF 0 0.122302 1205 861 344 138 0 0 138 AF 0 0.125899 1242 863 379 129 0 0 129 AF 0 0.129496 1413 991 422 136 0 0 136 AF 0 0.133094 1183 825 358 142 0 0 142 AF 0 0.136691 1270 868 402 155 0 0 155 AF 0 0.140288 1274 879 395 146 0 0 146 AF 0 0.143885 1254 874 380 142 0 0 142 AF 0 0.147482 1158 798 360 135 0 0 135 AF 0 0.151079 1170 797 373 131 0 0 131 AF 0 0.154676 935 638 297 120 0 0 120 AF 0 0.158273 1048 719 329 117 0 0 117 AF 0 0.161871 1014 697 317 128 0 0 128 AF 0 0.165468 1002 691 311 125 0 0 125 AF 0 0.169065 1033 718 315 115 0 0 115 AF 0 0.172662 1083 743 340 135 0 0 135 AF 0 0.176259 913 649 264 113 0 0 113 AF 0 0.179856 1007 695 312 99 0 0 99 AF 0 0.183453 1052 739 313 124 0 0 124 AF 0 0.187050 970 684 286 129 0 0 129 AF 0 0.190647 920 641 279 118 0 0 118 AF 0 0.194245 987 670 317 112 0 0 112 AF 0 0.197842 953 659 294 124 0 0 124 AF 0 0.201439 855 588 267 87 0 0 87 AF 0 0.205036 847 586 261 99 0 0 99 AF 0 0.208633 879 600 279 103 0 0 103 AF 0 0.212230 985 693 292 95 0 0 95 AF 0 0.215827 908 634 274 96 0 0 96 AF 0 0.219424 956 651 305 133 0 0 133 AF 0 0.223022 844 574 270 92 0 0 92 AF 0 0.226619 914 634 280 96 0 0 96 AF 0 0.230216 872 628 244 99 0 0 99 AF 0 0.233813 773 539 234 100 0 0 100 AF 0 0.237410 758 536 222 102 0 0 102 AF 0 0.241007 717 496 221 100 0 0 100 AF 0 0.244604 855 589 266 100 0 0 100 AF 0 0.248201 763 543 220 77 0 0 77 AF 0 0.251799 753 534 219 116 0 0 116 AF 0 0.255396 743 509 234 100 0 0 100 AF 0 0.258993 800 543 257 100 0 0 100 AF 0 0.262590 721 498 223 79 0 0 79 AF 0 0.266187 719 492 227 98 0 0 98 AF 0 0.269784 708 502 206 90 0 0 90 AF 0 0.273381 717 496 221 76 0 0 76 AF 0 0.276978 674 461 213 101 0 0 101 AF 0 0.280576 715 524 191 95 0 0 95 AF 0 0.284173 588 423 165 82 0 0 82 AF 0 0.287770 624 425 199 86 0 0 86 AF 0 0.291367 735 534 201 87 0 0 87 AF 0 0.294964 556 396 160 96 0 0 96 AF 0 0.298561 599 413 186 75 0 0 75 AF 0 0.302158 566 404 162 84 0 0 84 AF 0 0.305755 579 409 170 90 0 0 90 AF 0 0.309353 558 396 162 86 0 0 86 AF 0 0.312950 541 368 173 86 0 0 86 AF 0 0.316547 507 341 166 62 0 0 62 AF 0 0.320144 537 366 171 81 0 0 81 AF 0 0.323741 604 408 196 84 0 0 84 AF 0 0.327338 580 379 201 94 0 0 94 AF 0 0.330935 528 354 174 75 0 0 75 AF 0 0.334532 545 368 177 71 0 0 71 AF 0 0.338129 554 390 164 65 0 0 65 AF 0 0.341727 506 353 153 71 0 0 71 AF 0 0.345324 486 346 140 78 0 0 78 AF 0 0.348921 476 311 165 76 0 0 76 AF 0 0.352518 465 323 142 81 0 0 81 AF 0 0.356115 512 349 163 79 0 0 79 AF 0 0.359712 498 330 168 82 0 0 82 AF 0 0.363309 620 433 187 80 0 0 80 AF 0 0.366906 504 357 147 82 0 0 82 AF 0 0.370504 550 370 180 80 0 0 80 AF 0 0.374101 538 363 175 69 0 0 69 AF 0 0.377698 621 439 182 85 0 0 85 AF 0 0.381295 615 433 182 85 0 0 85 AF 0 0.384892 494 344 150 74 0 0 74 AF 0 0.388489 485 320 165 90 0 0 90 AF 0 0.392086 574 396 178 83 0 0 83 AF 0 0.395683 516 365 151 67 0 0 67 AF 0 0.399281 566 397 169 82 0 0 82 AF 0 0.402878 534 385 149 73 0 0 73 AF 0 0.406475 503 383 120 81 0 0 81 AF 0 0.410072 465 314 151 77 0 0 77 AF 0 0.413669 590 409 181 69 0 0 69 AF 0 0.417266 503 326 177 85 0 0 85 AF 0 0.420863 525 372 153 72 0 0 72 AF 0 0.424460 478 323 155 64 0 0 64 AF 0 0.428058 507 351 156 73 0 0 73 AF 0 0.431655 453 319 134 65 0 0 65 AF 0 0.435252 535 367 168 73 0 0 73 AF 0 0.438849 440 320 120 66 0 0 66 AF 0 0.442446 492 341 151 64 0 0 64 AF 0 0.446043 446 294 152 68 0 0 68 AF 0 0.449640 519 347 172 59 0 0 59 AF 0 0.453237 457 317 140 79 0 0 79 AF 0 0.456835 467 313 154 56 0 0 56 AF 0 0.460432 577 399 178 65 0 0 65 AF 0 0.464029 521 379 142 66 0 0 66 AF 0 0.467626 407 268 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