# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.2.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.2.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 7042428 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 6786300 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 256128 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 4570103 2216197 2.06 4570103 2216197 2.06 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 681848 472505 209343 29415 0 0 29415 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 5541166 3724097 1817069 127225 0 0 127225 AF 0 0.003597 258859 177931 80928 17843 0 0 17843 AF 0 0.007194 129562 88555 41007 9753 0 0 9753 AF 0 0.010791 77228 52631 24597 6255 0 0 6255 AF 0 0.014388 50437 34406 16031 4291 0 0 4291 AF 0 0.017986 37467 25471 11996 3284 0 0 3284 AF 0 0.021583 28700 19530 9170 2598 0 0 2598 AF 0 0.025180 23787 16141 7646 2308 0 0 2308 AF 0 0.028777 19287 13032 6255 1791 0 0 1791 AF 0 0.032374 16691 11272 5419 1637 0 0 1637 AF 0 0.035971 14427 9882 4545 1324 0 0 1324 AF 0 0.039568 13169 8936 4233 1236 0 0 1236 AF 0 0.043165 11762 7978 3784 1177 0 0 1177 AF 0 0.046763 10176 6850 3326 970 0 0 970 AF 0 0.050360 10180 6955 3225 1084 0 0 1084 AF 0 0.053957 9100 6063 3037 921 0 0 921 AF 0 0.057554 8479 5703 2776 823 0 0 823 AF 0 0.061151 8433 5740 2693 864 0 0 864 AF 0 0.064748 7487 4996 2491 814 0 0 814 AF 0 0.068345 7577 5025 2552 766 0 0 766 AF 0 0.071942 7338 4966 2372 799 0 0 799 AF 0 0.075540 7101 4844 2257 764 0 0 764 AF 0 0.079137 7006 4690 2316 785 0 0 785 AF 0 0.082734 6337 4296 2041 757 0 0 757 AF 0 0.086331 6351 4365 1986 692 0 0 692 AF 0 0.089928 6099 4098 2001 739 0 0 739 AF 0 0.093525 5783 3906 1877 640 0 0 640 AF 0 0.097122 5686 3847 1839 606 0 0 606 AF 0 0.100719 5413 3605 1808 558 0 0 558 AF 0 0.104317 5083 3458 1625 600 0 0 600 AF 0 0.107914 5299 3553 1746 586 0 0 586 AF 0 0.111511 5316 3552 1764 637 0 0 637 AF 0 0.115108 5066 3426 1640 559 0 0 559 AF 0 0.118705 5025 3405 1620 614 0 0 614 AF 0 0.122302 4673 3103 1570 557 0 0 557 AF 0 0.125899 4524 3127 1397 566 0 0 566 AF 0 0.129496 4369 2944 1425 552 0 0 552 AF 0 0.133094 4207 2809 1398 471 0 0 471 AF 0 0.136691 4021 2718 1303 505 0 0 505 AF 0 0.140288 4111 2735 1376 480 0 0 480 AF 0 0.143885 4156 2805 1351 481 0 0 481 AF 0 0.147482 4030 2705 1325 478 0 0 478 AF 0 0.151079 4039 2734 1305 506 0 0 506 AF 0 0.154676 3693 2495 1198 461 0 0 461 AF 0 0.158273 3824 2522 1302 501 0 0 501 AF 0 0.161871 3942 2685 1257 470 0 0 470 AF 0 0.165468 3531 2351 1180 462 0 0 462 AF 0 0.169065 3399 2282 1117 463 0 0 463 AF 0 0.172662 3665 2500 1165 454 0 0 454 AF 0 0.176259 3625 2496 1129 442 0 0 442 AF 0 0.179856 3649 2436 1213 453 0 0 453 AF 0 0.183453 3634 2419 1215 414 0 0 414 AF 0 0.187050 3666 2482 1184 461 0 0 461 AF 0 0.190647 3493 2343 1150 468 0 0 468 AF 0 0.194245 3541 2394 1147 400 0 0 400 AF 0 0.197842 3515 2397 1118 469 0 0 469 AF 0 0.201439 3110 2125 985 429 0 0 429 AF 0 0.205036 3269 2157 1112 425 0 0 425 AF 0 0.208633 3547 2429 1118 455 0 0 455 AF 0 0.212230 3319 2266 1053 437 0 0 437 AF 0 0.215827 3365 2280 1085 416 0 0 416 AF 0 0.219424 3220 2154 1066 426 0 0 426 AF 0 0.223022 2966 2006 960 383 0 0 383 AF 0 0.226619 2777 1854 923 378 0 0 378 AF 0 0.230216 2707 1811 896 336 0 0 336 AF 0 0.233813 3053 1991 1062 401 0 0 401 AF 0 0.237410 2746 1858 888 390 0 0 390 AF 0 0.241007 2692 1815 877 357 0 0 357 AF 0 0.244604 2749 1883 866 336 0 0 336 AF 0 0.248201 2766 1832 934 389 0 0 389 AF 0 0.251799 2848 1899 949 379 0 0 379 AF 0 0.255396 2749 1820 929 365 0 0 365 AF 0 0.258993 2788 1895 893 409 0 0 409 AF 0 0.262590 2728 1842 886 355 0 0 355 AF 0 0.266187 2441 1659 782 337 0 0 337 AF 0 0.269784 2390 1585 805 329 0 0 329 AF 0 0.273381 2875 1957 918 368 0 0 368 AF 0 0.276978 2478 1669 809 342 0 0 342 AF 0 0.280576 2481 1669 812 351 0 0 351 AF 0 0.284173 2417 1632 785 311 0 0 311 AF 0 0.287770 2228 1488 740 313 0 0 313 AF 0 0.291367 2377 1581 796 302 0 0 302 AF 0 0.294964 2257 1535 722 313 0 0 313 AF 0 0.298561 2560 1735 825 349 0 0 349 AF 0 0.302158 2367 1577 790 333 0 0 333 AF 0 0.305755 2462 1686 776 360 0 0 360 AF 0 0.309353 2404 1611 793 330 0 0 330 AF 0 0.312950 2535 1691 844 332 0 0 332 AF 0 0.316547 2411 1663 748 363 0 0 363 AF 0 0.320144 2318 1545 773 305 0 0 305 AF 0 0.323741 2143 1459 684 316 0 0 316 AF 0 0.327338 1979 1333 646 277 0 0 277 AF 0 0.330935 1880 1266 614 332 0 0 332 AF 0 0.334532 1948 1282 666 273 0 0 273 AF 0 0.338129 2141 1426 715 311 0 0 311 AF 0 0.341727 2104 1424 680 310 0 0 310 AF 0 0.345324 2045 1385 660 316 0 0 316 AF 0 0.348921 2018 1348 670 272 0 0 272 AF 0 0.352518 2093 1432 661 288 0 0 288 AF 0 0.356115 2091 1438 653 300 0 0 300 AF 0 0.359712 2011 1347 664 282 0 0 282 AF 0 0.363309 2095 1391 704 296 0 0 296 AF 0 0.366906 2194 1489 705 318 0 0 318 AF 0 0.370504 2021 1380 641 297 0 0 297 AF 0 0.374101 2028 1373 655 264 0 0 264 AF 0 0.377698 2087 1413 674 265 0 0 265 AF 0 0.381295 1963 1307 656 287 0 0 287 AF 0 0.384892 1898 1273 625 276 0 0 276 AF 0 0.388489 2264 1551 713 270 0 0 270 AF 0 0.392086 2090 1431 659 254 0 0 254 AF 0 0.395683 1851 1245 606 286 0 0 286 AF 0 0.399281 1723 1130 593 256 0 0 256 AF 0 0.402878 1905 1318 587 271 0 0 271 AF 0 0.406475 1939 1311 628 285 0 0 285 AF 0 0.410072 1902 1324 578 261 0 0 261 AF 0 0.413669 1788 1170 618 242 0 0 242 AF 0 0.417266 1725 1155 570 257 0 0 257 AF 0 0.420863 1766 1227 539 269 0 0 269 AF 0 0.424460 1925 1313 612 265 0 0 265 AF 0 0.428058 1768 1187 581 279 0 0 279 AF 0 0.431655 1703 1117 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