# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.19.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.19.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 1820912 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 1751878 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 69034 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1227313 524565 2.34 1227313 524565 2.34 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 175395 126341 49054 6502 0 0 6502 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 1403168 982435 420733 31871 0 0 31871 AF 0 0.003597 70527 49956 20571 4330 0 0 4330 AF 0 0.007194 35115 24923 10192 2498 0 0 2498 AF 0 0.010791 20895 14833 6062 1513 0 0 1513 AF 0 0.014388 14749 10457 4292 1132 0 0 1132 AF 0 0.017986 10536 7390 3146 883 0 0 883 AF 0 0.021583 8319 5776 2543 759 0 0 759 AF 0 0.025180 6359 4479 1880 571 0 0 571 AF 0 0.028777 5974 4225 1749 585 0 0 585 AF 0 0.032374 4519 3173 1346 419 0 0 419 AF 0 0.035971 3924 2734 1190 367 0 0 367 AF 0 0.039568 3811 2628 1183 387 0 0 387 AF 0 0.043165 3665 2589 1076 323 0 0 323 AF 0 0.046763 2879 1999 880 324 0 0 324 AF 0 0.050360 2742 1900 842 239 0 0 239 AF 0 0.053957 2905 1997 908 294 0 0 294 AF 0 0.057554 2570 1801 769 249 0 0 249 AF 0 0.061151 2342 1672 670 254 0 0 254 AF 0 0.064748 1931 1362 569 203 0 0 203 AF 0 0.068345 1873 1332 541 205 0 0 205 AF 0 0.071942 1799 1241 558 219 0 0 219 AF 0 0.075540 1777 1264 513 206 0 0 206 AF 0 0.079137 1784 1254 530 219 0 0 219 AF 0 0.082734 2084 1468 616 245 0 0 245 AF 0 0.086331 1708 1211 497 210 0 0 210 AF 0 0.089928 1770 1258 512 225 0 0 225 AF 0 0.093525 1792 1269 523 209 0 0 209 AF 0 0.097122 1815 1305 510 216 0 0 216 AF 0 0.100719 1860 1275 585 215 0 0 215 AF 0 0.104317 1607 1126 481 169 0 0 169 AF 0 0.107914 1550 1067 483 192 0 0 192 AF 0 0.111511 1581 1128 453 201 0 0 201 AF 0 0.115108 1740 1176 564 203 0 0 203 AF 0 0.118705 1703 1181 522 177 0 0 177 AF 0 0.122302 1507 1062 445 218 0 0 218 AF 0 0.125899 1396 981 415 170 0 0 170 AF 0 0.129496 1472 1060 412 178 0 0 178 AF 0 0.133094 1463 1009 454 213 0 0 213 AF 0 0.136691 1447 989 458 212 0 0 212 AF 0 0.140288 1437 1025 412 172 0 0 172 AF 0 0.143885 1233 879 354 146 0 0 146 AF 0 0.147482 1433 987 446 166 0 0 166 AF 0 0.151079 1364 959 405 175 0 0 175 AF 0 0.154676 1186 814 372 141 0 0 141 AF 0 0.158273 1201 854 347 167 0 0 167 AF 0 0.161871 1184 846 338 155 0 0 155 AF 0 0.165468 1106 776 330 171 0 0 171 AF 0 0.169065 1227 837 390 161 0 0 161 AF 0 0.172662 1116 776 340 154 0 0 154 AF 0 0.176259 1025 731 294 163 0 0 163 AF 0 0.179856 1067 732 335 158 0 0 158 AF 0 0.183453 1009 705 304 143 0 0 143 AF 0 0.187050 1275 882 393 153 0 0 153 AF 0 0.190647 1355 931 424 156 0 0 156 AF 0 0.194245 1086 772 314 140 0 0 140 AF 0 0.197842 1059 750 309 158 0 0 158 AF 0 0.201439 1007 708 299 173 0 0 173 AF 0 0.205036 1005 695 310 134 0 0 134 AF 0 0.208633 880 610 270 124 0 0 124 AF 0 0.212230 839 596 243 117 0 0 117 AF 0 0.215827 892 633 259 111 0 0 111 AF 0 0.219424 854 574 280 120 0 0 120 AF 0 0.223022 1099 752 347 145 0 0 145 AF 0 0.226619 865 586 279 149 0 0 149 AF 0 0.230216 867 597 270 128 0 0 128 AF 0 0.233813 883 617 266 130 0 0 130 AF 0 0.237410 863 604 259 130 0 0 130 AF 0 0.241007 854 566 288 136 0 0 136 AF 0 0.244604 907 618 289 132 0 0 132 AF 0 0.248201 723 515 208 127 0 0 127 AF 0 0.251799 784 527 257 114 0 0 114 AF 0 0.255396 817 554 263 125 0 0 125 AF 0 0.258993 673 461 212 142 0 0 142 AF 0 0.262590 734 502 232 120 0 0 120 AF 0 0.266187 721 490 231 90 0 0 90 AF 0 0.269784 652 433 219 112 0 0 112 AF 0 0.273381 702 504 198 101 0 0 101 AF 0 0.276978 625 444 181 103 0 0 103 AF 0 0.280576 621 414 207 100 0 0 100 AF 0 0.284173 651 440 211 105 0 0 105 AF 0 0.287770 643 465 178 84 0 0 84 AF 0 0.291367 749 526 223 94 0 0 94 AF 0 0.294964 716 508 208 108 0 0 108 AF 0 0.298561 739 521 218 113 0 0 113 AF 0 0.302158 663 454 209 111 0 0 111 AF 0 0.305755 664 445 219 114 0 0 114 AF 0 0.309353 628 433 195 101 0 0 101 AF 0 0.312950 674 478 196 109 0 0 109 AF 0 0.316547 677 474 203 111 0 0 111 AF 0 0.320144 735 543 192 119 0 0 119 AF 0 0.323741 718 495 223 98 0 0 98 AF 0 0.327338 583 400 183 79 0 0 79 AF 0 0.330935 785 538 247 128 0 0 128 AF 0 0.334532 649 480 169 97 0 0 97 AF 0 0.338129 645 454 191 109 0 0 109 AF 0 0.341727 551 383 168 93 0 0 93 AF 0 0.345324 652 451 201 96 0 0 96 AF 0 0.348921 590 395 195 95 0 0 95 AF 0 0.352518 540 377 163 97 0 0 97 AF 0 0.356115 554 373 181 98 0 0 98 AF 0 0.359712 582 404 178 97 0 0 97 AF 0 0.363309 583 394 189 102 0 0 102 AF 0 0.366906 566 385 181 96 0 0 96 AF 0 0.370504 497 333 164 82 0 0 82 AF 0 0.374101 638 443 195 91 0 0 91 AF 0 0.377698 516 356 160 82 0 0 82 AF 0 0.381295 538 353 185 98 0 0 98 AF 0 0.384892 601 414 187 100 0 0 100 AF 0 0.388489 502 338 164 102 0 0 102 AF 0 0.392086 642 443 199 95 0 0 95 AF 0 0.395683 515 365 150 102 0 0 102 AF 0 0.399281 546 371 175 93 0 0 93 AF 0 0.402878 492 342 150 68 0 0 68 AF 0 0.406475 521 351 170 76 0 0 76 AF 0 0.410072 532 365 167 84 0 0 84 AF 0 0.413669 523 360 163 90 0 0 90 AF 0 0.417266 585 414 171 98 0 0 98 AF 0 0.420863 576 410 166 85 0 0 85 AF 0 0.424460 611 413 198 93 0 0 93 AF 0 0.428058 590 397 193 68 0 0 68 AF 0 0.431655 389 281 108 80 0 0 80 AF 0 0.435252 520 367 153 78 0 0 78 AF 0 0.438849 405 265 140 56 0 0 56 AF 0 0.442446 495 364 131 81 0 0 81 AF 0 0.446043 516 347 169 77 0 0 77 AF 0 0.449640 627 455 172 99 0 0 99 AF 0 0.453237 691 458 233 98 0 0 98 AF 0 0.456835 547 384 163 94 0 0 94 AF 0 0.460432 459 301 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