# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.18.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.18.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 2254049 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 2171378 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 82671 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1476268 695110 2.12 1476268 695110 2.12 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 218133 152733 65400 9681 0 0 9681 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 1744762 1183351 561411 39781 0 0 39781 AF 0 0.003597 86531 60112 26419 5806 0 0 5806 AF 0 0.007194 43836 30148 13688 3319 0 0 3319 AF 0 0.010791 25346 17630 7716 2008 0 0 2008 AF 0 0.014388 18111 12511 5600 1492 0 0 1492 AF 0 0.017986 12907 8942 3965 1055 0 0 1055 AF 0 0.021583 9912 6781 3131 924 0 0 924 AF 0 0.025180 7439 5102 2337 676 0 0 676 AF 0 0.028777 6739 4655 2084 629 0 0 629 AF 0 0.032374 5596 3738 1858 475 0 0 475 AF 0 0.035971 4678 3233 1445 427 0 0 427 AF 0 0.039568 4199 2860 1339 379 0 0 379 AF 0 0.043165 4023 2710 1313 381 0 0 381 AF 0 0.046763 3701 2530 1171 374 0 0 374 AF 0 0.050360 3530 2429 1101 337 0 0 337 AF 0 0.053957 3032 2081 951 312 0 0 312 AF 0 0.057554 2821 1905 916 324 0 0 324 AF 0 0.061151 2737 1884 853 282 0 0 282 AF 0 0.064748 2766 1877 889 290 0 0 290 AF 0 0.068345 2484 1712 772 279 0 0 279 AF 0 0.071942 2638 1806 832 271 0 0 271 AF 0 0.075540 2375 1639 736 236 0 0 236 AF 0 0.079137 2378 1593 785 227 0 0 227 AF 0 0.082734 2349 1609 740 229 0 0 229 AF 0 0.086331 2088 1458 630 236 0 0 236 AF 0 0.089928 2012 1358 654 223 0 0 223 AF 0 0.093525 1810 1221 589 199 0 0 199 AF 0 0.097122 1982 1395 587 227 0 0 227 AF 0 0.100719 1941 1324 617 206 0 0 206 AF 0 0.104317 1781 1276 505 182 0 0 182 AF 0 0.107914 1871 1255 616 207 0 0 207 AF 0 0.111511 1617 1127 490 184 0 0 184 AF 0 0.115108 1756 1212 544 179 0 0 179 AF 0 0.118705 1800 1253 547 195 0 0 195 AF 0 0.122302 1816 1221 595 211 0 0 211 AF 0 0.125899 1673 1134 539 177 0 0 177 AF 0 0.129496 1899 1296 603 202 0 0 202 AF 0 0.133094 1669 1099 570 150 0 0 150 AF 0 0.136691 1560 1038 522 177 0 0 177 AF 0 0.140288 1438 981 457 167 0 0 167 AF 0 0.143885 1431 954 477 152 0 0 152 AF 0 0.147482 1387 944 443 172 0 0 172 AF 0 0.151079 1384 952 432 146 0 0 146 AF 0 0.154676 1305 874 431 163 0 0 163 AF 0 0.158273 1383 938 445 151 0 0 151 AF 0 0.161871 1504 1006 498 159 0 0 159 AF 0 0.165468 1282 857 425 134 0 0 134 AF 0 0.169065 1308 918 390 159 0 0 159 AF 0 0.172662 1292 877 415 151 0 0 151 AF 0 0.176259 1272 852 420 171 0 0 171 AF 0 0.179856 1183 813 370 138 0 0 138 AF 0 0.183453 1230 833 397 152 0 0 152 AF 0 0.187050 1109 767 342 127 0 0 127 AF 0 0.190647 1258 850 408 151 0 0 151 AF 0 0.194245 1153 748 405 142 0 0 142 AF 0 0.197842 1036 710 326 156 0 0 156 AF 0 0.201439 1086 773 313 132 0 0 132 AF 0 0.205036 1105 761 344 133 0 0 133 AF 0 0.208633 1091 733 358 154 0 0 154 AF 0 0.212230 1095 759 336 143 0 0 143 AF 0 0.215827 1053 725 328 131 0 0 131 AF 0 0.219424 1153 796 357 127 0 0 127 AF 0 0.223022 1041 700 341 121 0 0 121 AF 0 0.226619 1088 741 347 115 0 0 115 AF 0 0.230216 1060 702 358 148 0 0 148 AF 0 0.233813 1078 758 320 141 0 0 141 AF 0 0.237410 1173 806 367 160 0 0 160 AF 0 0.241007 1090 734 356 135 0 0 135 AF 0 0.244604 1084 739 345 137 0 0 137 AF 0 0.248201 1021 703 318 123 0 0 123 AF 0 0.251799 902 608 294 112 0 0 112 AF 0 0.255396 922 636 286 133 0 0 133 AF 0 0.258993 969 661 308 126 0 0 126 AF 0 0.262590 894 603 291 98 0 0 98 AF 0 0.266187 848 559 289 94 0 0 94 AF 0 0.269784 838 565 273 126 0 0 126 AF 0 0.273381 816 558 258 118 0 0 118 AF 0 0.276978 878 578 300 119 0 0 119 AF 0 0.280576 853 590 263 120 0 0 120 AF 0 0.284173 793 555 238 102 0 0 102 AF 0 0.287770 1016 688 328 118 0 0 118 AF 0 0.291367 904 632 272 128 0 0 128 AF 0 0.294964 827 570 257 109 0 0 109 AF 0 0.298561 951 661 290 109 0 0 109 AF 0 0.302158 865 590 275 104 0 0 104 AF 0 0.305755 853 579 274 123 0 0 123 AF 0 0.309353 833 548 285 109 0 0 109 AF 0 0.312950 744 501 243 88 0 0 88 AF 0 0.316547 915 636 279 137 0 0 137 AF 0 0.320144 860 589 271 106 0 0 106 AF 0 0.323741 678 472 206 119 0 0 119 AF 0 0.327338 805 544 261 94 0 0 94 AF 0 0.330935 753 501 252 98 0 0 98 AF 0 0.334532 662 463 199 107 0 0 107 AF 0 0.338129 682 454 228 106 0 0 106 AF 0 0.341727 775 535 240 98 0 0 98 AF 0 0.345324 733 480 253 85 0 0 85 AF 0 0.348921 577 407 170 96 0 0 96 AF 0 0.352518 674 458 216 93 0 0 93 AF 0 0.356115 700 470 230 66 0 0 66 AF 0 0.359712 743 507 236 112 0 0 112 AF 0 0.363309 666 450 216 97 0 0 97 AF 0 0.366906 591 394 197 85 0 0 85 AF 0 0.370504 571 388 183 94 0 0 94 AF 0 0.374101 571 394 177 92 0 0 92 AF 0 0.377698 619 407 212 86 0 0 86 AF 0 0.381295 759 534 225 77 0 0 77 AF 0 0.384892 645 433 212 89 0 0 89 AF 0 0.388489 618 418 200 82 0 0 82 AF 0 0.392086 627 416 211 92 0 0 92 AF 0 0.395683 753 521 232 95 0 0 95 AF 0 0.399281 680 472 208 84 0 0 84 AF 0 0.402878 572 393 179 79 0 0 79 AF 0 0.406475 603 413 190 81 0 0 81 AF 0 0.410072 593 416 177 85 0 0 85 AF 0 0.413669 678 472 206 80 0 0 80 AF 0 0.417266 630 423 207 102 0 0 102 AF 0 0.420863 583 414 169 97 0 0 97 AF 0 0.424460 744 472 272 97 0 0 97 AF 0 0.428058 637 426 211 96 0 0 96 AF 0 0.431655 579 393 186 72 0 0 72 AF 0 0.435252 550 384 166 78 0 0 78 AF 0 0.438849 527 360 167 90 0 0 90 AF 0 0.442446 577 391 186 86 0 0 86 AF 0 0.446043 584 384 200 72 0 0 72 AF 0 0.449640 521 355 166 81 0 0 81 AF 0 0.453237 572 396 176 93 0 0 93 AF 0 0.456835 504 321 183 84 0 0 84 AF 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