# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.17.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.17.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 2315810 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 2227080 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 88730 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1565893 661187 2.37 1565893 661187 2.37 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 224716 162480 62236 9580 0 0 9580 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 1817121 1276158 540963 42543 0 0 42543 AF 0 0.003597 85494 61177 24317 5681 0 0 5681 AF 0 0.007194 41827 29761 12066 3269 0 0 3269 AF 0 0.010791 25833 18336 7497 2159 0 0 2159 AF 0 0.014388 17337 12320 5017 1515 0 0 1515 AF 0 0.017986 12304 8776 3528 1092 0 0 1092 AF 0 0.021583 9544 6753 2791 868 0 0 868 AF 0 0.025180 8189 5755 2434 789 0 0 789 AF 0 0.028777 6248 4347 1901 591 0 0 591 AF 0 0.032374 5325 3758 1567 527 0 0 527 AF 0 0.035971 4816 3370 1446 476 0 0 476 AF 0 0.039568 4365 2997 1368 466 0 0 466 AF 0 0.043165 3876 2752 1124 433 0 0 433 AF 0 0.046763 3627 2573 1054 373 0 0 373 AF 0 0.050360 3127 2221 906 366 0 0 366 AF 0 0.053957 3047 2110 937 346 0 0 346 AF 0 0.057554 2952 2104 848 336 0 0 336 AF 0 0.061151 2925 2086 839 327 0 0 327 AF 0 0.064748 2690 1873 817 319 0 0 319 AF 0 0.068345 2643 1865 778 307 0 0 307 AF 0 0.071942 2546 1796 750 316 0 0 316 AF 0 0.075540 4714 3379 1335 479 0 0 479 AF 0 0.079137 2085 1484 601 251 0 0 251 AF 0 0.082734 2129 1490 639 232 0 0 232 AF 0 0.086331 1925 1388 537 258 0 0 258 AF 0 0.089928 1867 1309 558 206 0 0 206 AF 0 0.093525 1701 1180 521 221 0 0 221 AF 0 0.097122 1768 1239 529 226 0 0 226 AF 0 0.100719 1662 1165 497 195 0 0 195 AF 0 0.104317 1603 1166 437 210 0 0 210 AF 0 0.107914 1602 1099 503 189 0 0 189 AF 0 0.111511 1621 1112 509 183 0 0 183 AF 0 0.115108 1481 1047 434 212 0 0 212 AF 0 0.118705 1349 915 434 177 0 0 177 AF 0 0.122302 1422 972 450 187 0 0 187 AF 0 0.125899 1431 992 439 177 0 0 177 AF 0 0.129496 1445 961 484 194 0 0 194 AF 0 0.133094 1548 1118 430 195 0 0 195 AF 0 0.136691 1405 979 426 202 0 0 202 AF 0 0.140288 1421 972 449 176 0 0 176 AF 0 0.143885 1258 898 360 202 0 0 202 AF 0 0.147482 1268 921 347 172 0 0 172 AF 0 0.151079 1395 994 401 184 0 0 184 AF 0 0.154676 1340 941 399 192 0 0 192 AF 0 0.158273 1176 833 343 187 0 0 187 AF 0 0.161871 1370 947 423 203 0 0 203 AF 0 0.165468 1309 901 408 197 0 0 197 AF 0 0.169065 1426 1035 391 196 0 0 196 AF 0 0.172662 1267 900 367 175 0 0 175 AF 0 0.176259 1310 913 397 176 0 0 176 AF 0 0.179856 1370 944 426 201 0 0 201 AF 0 0.183453 1110 746 364 172 0 0 172 AF 0 0.187050 1360 934 426 151 0 0 151 AF 0 0.190647 1285 893 392 173 0 0 173 AF 0 0.194245 1138 812 326 161 0 0 161 AF 0 0.197842 1055 744 311 189 0 0 189 AF 0 0.201439 950 674 276 139 0 0 139 AF 0 0.205036 880 592 288 141 0 0 141 AF 0 0.208633 1066 747 319 138 0 0 138 AF 0 0.212230 978 670 308 158 0 0 158 AF 0 0.215827 1072 754 318 158 0 0 158 AF 0 0.219424 964 679 285 155 0 0 155 AF 0 0.223022 904 617 287 119 0 0 119 AF 0 0.226619 953 672 281 123 0 0 123 AF 0 0.230216 861 616 245 142 0 0 142 AF 0 0.233813 869 600 269 125 0 0 125 AF 0 0.237410 827 613 214 152 0 0 152 AF 0 0.241007 852 576 276 143 0 0 143 AF 0 0.244604 944 653 291 142 0 0 142 AF 0 0.248201 913 616 297 135 0 0 135 AF 0 0.251799 882 600 282 126 0 0 126 AF 0 0.255396 863 595 268 139 0 0 139 AF 0 0.258993 904 613 291 131 0 0 131 AF 0 0.262590 856 606 250 144 0 0 144 AF 0 0.266187 880 623 257 130 0 0 130 AF 0 0.269784 861 637 224 125 0 0 125 AF 0 0.273381 785 555 230 125 0 0 125 AF 0 0.276978 865 620 245 129 0 0 129 AF 0 0.280576 790 566 224 123 0 0 123 AF 0 0.284173 784 526 258 120 0 0 120 AF 0 0.287770 869 596 273 129 0 0 129 AF 0 0.291367 680 473 207 126 0 0 126 AF 0 0.294964 841 601 240 117 0 0 117 AF 0 0.298561 709 504 205 109 0 0 109 AF 0 0.302158 698 483 215 120 0 0 120 AF 0 0.305755 736 505 231 119 0 0 119 AF 0 0.309353 758 532 226 118 0 0 118 AF 0 0.312950 863 636 227 114 0 0 114 AF 0 0.316547 862 574 288 129 0 0 129 AF 0 0.320144 728 512 216 131 0 0 131 AF 0 0.323741 733 500 233 104 0 0 104 AF 0 0.327338 728 512 216 109 0 0 109 AF 0 0.330935 764 507 257 125 0 0 125 AF 0 0.334532 644 475 169 97 0 0 97 AF 0 0.338129 788 559 229 126 0 0 126 AF 0 0.341727 894 620 274 135 0 0 135 AF 0 0.345324 685 471 214 106 0 0 106 AF 0 0.348921 574 421 153 105 0 0 105 AF 0 0.352518 709 491 218 122 0 0 122 AF 0 0.356115 631 438 193 146 0 0 146 AF 0 0.359712 668 479 189 108 0 0 108 AF 0 0.363309 653 438 215 111 0 0 111 AF 0 0.366906 647 431 216 112 0 0 112 AF 0 0.370504 676 459 217 107 0 0 107 AF 0 0.374101 545 386 159 107 0 0 107 AF 0 0.377698 663 441 222 118 0 0 118 AF 0 0.381295 601 428 173 144 0 0 144 AF 0 0.384892 543 387 156 103 0 0 103 AF 0 0.388489 576 391 185 114 0 0 114 AF 0 0.392086 525 377 148 108 0 0 108 AF 0 0.395683 476 341 135 105 0 0 105 AF 0 0.399281 575 418 157 95 0 0 95 AF 0 0.402878 560 382 178 97 0 0 97 AF 0 0.406475 544 353 191 88 0 0 88 AF 0 0.410072 552 382 170 113 0 0 113 AF 0 0.413669 539 398 141 100 0 0 100 AF 0 0.417266 592 385 207 105 0 0 105 AF 0 0.420863 674 468 206 104 0 0 104 AF 0 0.424460 609 415 194 115 0 0 115 AF 0 0.428058 655 470 185 113 0 0 113 AF 0 0.431655 666 469 197 119 0 0 119 AF 0 0.435252 641 467 174 100 0 0 100 AF 0 0.438849 539 382 157 99 0 0 99 AF 0 0.442446 625 440 185 102 0 0 102 AF 0 0.446043 595 423 172 111 0 0 111 AF 0 0.449640 501 355 146 90 0 0 90 AF 0 0.453237 494 351 143 85 0 0 85 AF 0 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