# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.16.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.16.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 2680992 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 2596072 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 84920 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1718452 877620 1.96 1718452 877620 1.96 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 261037 177749 83288 9043 0 0 9043 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 2121441 1403893 717548 41772 0 0 41772 AF 0 0.003597 101690 68501 33189 5541 0 0 5541 AF 0 0.007194 48173 31983 16190 2889 0 0 2889 AF 0 0.010791 29400 19529 9871 1955 0 0 1955 AF 0 0.014388 19374 12868 6506 1428 0 0 1428 AF 0 0.017986 14095 9311 4784 968 0 0 968 AF 0 0.021583 10820 7202 3618 844 0 0 844 AF 0 0.025180 8959 5986 2973 728 0 0 728 AF 0 0.028777 7858 5205 2653 644 0 0 644 AF 0 0.032374 6798 4573 2225 533 0 0 533 AF 0 0.035971 5713 3809 1904 466 0 0 466 AF 0 0.039568 5247 3512 1735 447 0 0 447 AF 0 0.043165 4085 2725 1360 367 0 0 367 AF 0 0.046763 3994 2591 1403 358 0 0 358 AF 0 0.050360 3625 2413 1212 357 0 0 357 AF 0 0.053957 3531 2301 1230 358 0 0 358 AF 0 0.057554 3236 2151 1085 285 0 0 285 AF 0 0.061151 2959 1952 1007 238 0 0 238 AF 0 0.064748 2805 1863 942 246 0 0 246 AF 0 0.068345 2816 1822 994 288 0 0 288 AF 0 0.071942 2838 1845 993 270 0 0 270 AF 0 0.075540 2467 1610 857 226 0 0 226 AF 0 0.079137 2522 1658 864 222 0 0 222 AF 0 0.082734 2310 1529 781 230 0 0 230 AF 0 0.086331 2219 1449 770 244 0 0 244 AF 0 0.089928 2254 1473 781 223 0 0 223 AF 0 0.093525 2183 1442 741 236 0 0 236 AF 0 0.097122 2107 1387 720 223 0 0 223 AF 0 0.100719 2166 1394 772 252 0 0 252 AF 0 0.104317 2063 1361 702 202 0 0 202 AF 0 0.107914 2059 1339 720 197 0 0 197 AF 0 0.111511 2137 1427 710 225 0 0 225 AF 0 0.115108 1913 1233 680 194 0 0 194 AF 0 0.118705 2078 1400 678 206 0 0 206 AF 0 0.122302 2181 1438 743 198 0 0 198 AF 0 0.125899 1847 1242 605 206 0 0 206 AF 0 0.129496 1723 1110 613 195 0 0 195 AF 0 0.133094 1665 1093 572 194 0 0 194 AF 0 0.136691 1780 1172 608 188 0 0 188 AF 0 0.140288 1673 1060 613 181 0 0 181 AF 0 0.143885 1663 1083 580 183 0 0 183 AF 0 0.147482 1765 1180 585 203 0 0 203 AF 0 0.151079 1597 1077 520 165 0 0 165 AF 0 0.154676 1509 1026 483 188 0 0 188 AF 0 0.158273 1689 1114 575 184 0 0 184 AF 0 0.161871 1388 906 482 157 0 0 157 AF 0 0.165468 1476 974 502 162 0 0 162 AF 0 0.169065 1687 1096 591 174 0 0 174 AF 0 0.172662 1476 978 498 172 0 0 172 AF 0 0.176259 1554 996 558 175 0 0 175 AF 0 0.179856 1379 927 452 166 0 0 166 AF 0 0.183453 1138 772 366 150 0 0 150 AF 0 0.187050 1250 825 425 152 0 0 152 AF 0 0.190647 1290 881 409 155 0 0 155 AF 0 0.194245 1403 884 519 180 0 0 180 AF 0 0.197842 1200 796 404 137 0 0 137 AF 0 0.201439 1315 873 442 156 0 0 156 AF 0 0.205036 1237 785 452 162 0 0 162 AF 0 0.208633 1269 840 429 146 0 0 146 AF 0 0.212230 1188 791 397 160 0 0 160 AF 0 0.215827 1143 755 388 129 0 0 129 AF 0 0.219424 1146 756 390 125 0 0 125 AF 0 0.223022 1091 724 367 146 0 0 146 AF 0 0.226619 1075 716 359 127 0 0 127 AF 0 0.230216 1009 651 358 156 0 0 156 AF 0 0.233813 1096 736 360 125 0 0 125 AF 0 0.237410 1118 720 398 127 0 0 127 AF 0 0.241007 1037 672 365 141 0 0 141 AF 0 0.244604 983 627 356 135 0 0 135 AF 0 0.248201 1140 760 380 136 0 0 136 AF 0 0.251799 1016 647 369 106 0 0 106 AF 0 0.255396 1011 652 359 123 0 0 123 AF 0 0.258993 992 643 349 135 0 0 135 AF 0 0.262590 998 641 357 121 0 0 121 AF 0 0.266187 962 630 332 119 0 0 119 AF 0 0.269784 903 571 332 128 0 0 128 AF 0 0.273381 898 577 321 117 0 0 117 AF 0 0.276978 935 599 336 96 0 0 96 AF 0 0.280576 985 619 366 138 0 0 138 AF 0 0.284173 979 647 332 123 0 0 123 AF 0 0.287770 999 666 333 119 0 0 119 AF 0 0.291367 829 549 280 128 0 0 128 AF 0 0.294964 960 648 312 127 0 0 127 AF 0 0.298561 879 583 296 114 0 0 114 AF 0 0.302158 883 608 275 99 0 0 99 AF 0 0.305755 959 612 347 131 0 0 131 AF 0 0.309353 873 575 298 115 0 0 115 AF 0 0.312950 770 507 263 115 0 0 115 AF 0 0.316547 766 502 264 108 0 0 108 AF 0 0.320144 857 560 297 89 0 0 89 AF 0 0.323741 865 562 303 106 0 0 106 AF 0 0.327338 833 553 280 107 0 0 107 AF 0 0.330935 830 543 287 109 0 0 109 AF 0 0.334532 816 498 318 95 0 0 95 AF 0 0.338129 785 527 258 106 0 0 106 AF 0 0.341727 773 532 241 120 0 0 120 AF 0 0.345324 726 494 232 119 0 0 119 AF 0 0.348921 792 513 279 115 0 0 115 AF 0 0.352518 827 554 273 112 0 0 112 AF 0 0.356115 809 528 281 117 0 0 117 AF 0 0.359712 833 555 278 92 0 0 92 AF 0 0.363309 782 519 263 85 0 0 85 AF 0 0.366906 687 458 229 105 0 0 105 AF 0 0.370504 661 431 230 108 0 0 108 AF 0 0.374101 707 432 275 91 0 0 91 AF 0 0.377698 625 383 242 104 0 0 104 AF 0 0.381295 675 424 251 105 0 0 105 AF 0 0.384892 724 492 232 104 0 0 104 AF 0 0.388489 739 486 253 114 0 0 114 AF 0 0.392086 762 513 249 103 0 0 103 AF 0 0.395683 769 501 268 92 0 0 92 AF 0 0.399281 669 440 229 121 0 0 121 AF 0 0.402878 687 462 225 128 0 0 128 AF 0 0.406475 682 445 237 96 0 0 96 AF 0 0.410072 711 465 246 121 0 0 121 AF 0 0.413669 891 575 316 109 0 0 109 AF 0 0.417266 754 480 274 114 0 0 114 AF 0 0.420863 700 474 226 115 0 0 115 AF 0 0.424460 708 471 237 98 0 0 98 AF 0 0.428058 621 407 214 90 0 0 90 AF 0 0.431655 597 387 210 86 0 0 86 AF 0 0.435252 568 374 194 78 0 0 78 AF 0 0.438849 694 457 237 85 0 0 85 AF 0 0.442446 672 444 228 104 0 0 104 AF 0 0.446043 628 402 226 91 0 0 91 AF 0 0.449640 674 440 234 81 0 0 81 AF 0 0.453237 659 411 248 83 0 0 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