# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.15.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.15.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 2410918 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 2320474 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 90444 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1572822 747652 2.10 1572822 747652 2.10 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 231654 161464 70190 10273 0 0 10273 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 1878517 1271661 606856 43876 0 0 43876 AF 0 0.003597 90915 62710 28205 6189 0 0 6189 AF 0 0.007194 45188 31058 14130 3425 0 0 3425 AF 0 0.010791 26576 18270 8306 2090 0 0 2090 AF 0 0.014388 18525 12637 5888 1560 0 0 1560 AF 0 0.017986 13549 9244 4305 1162 0 0 1162 AF 0 0.021583 10578 7286 3292 976 0 0 976 AF 0 0.025180 8257 5656 2601 796 0 0 796 AF 0 0.028777 6413 4350 2063 610 0 0 610 AF 0 0.032374 6050 4106 1944 562 0 0 562 AF 0 0.035971 5035 3442 1593 484 0 0 484 AF 0 0.039568 4659 3142 1517 466 0 0 466 AF 0 0.043165 4302 2866 1436 429 0 0 429 AF 0 0.046763 3888 2615 1273 393 0 0 393 AF 0 0.050360 3756 2551 1205 375 0 0 375 AF 0 0.053957 3447 2305 1142 310 0 0 310 AF 0 0.057554 3107 2100 1007 316 0 0 316 AF 0 0.061151 2904 1996 908 350 0 0 350 AF 0 0.064748 2552 1710 842 263 0 0 263 AF 0 0.068345 2299 1533 766 254 0 0 254 AF 0 0.071942 2381 1618 763 235 0 0 235 AF 0 0.075540 2486 1651 835 276 0 0 276 AF 0 0.079137 2475 1666 809 240 0 0 240 AF 0 0.082734 2414 1670 744 258 0 0 258 AF 0 0.086331 2291 1531 760 253 0 0 253 AF 0 0.089928 2174 1439 735 248 0 0 248 AF 0 0.093525 2133 1423 710 266 0 0 266 AF 0 0.097122 2025 1364 661 216 0 0 216 AF 0 0.100719 1912 1265 647 212 0 0 212 AF 0 0.104317 2155 1426 729 219 0 0 219 AF 0 0.107914 1843 1218 625 217 0 0 217 AF 0 0.111511 1881 1297 584 206 0 0 206 AF 0 0.115108 1803 1205 598 188 0 0 188 AF 0 0.118705 1760 1178 582 219 0 0 219 AF 0 0.122302 1717 1169 548 231 0 0 231 AF 0 0.125899 1694 1156 538 218 0 0 218 AF 0 0.129496 1513 1004 509 203 0 0 203 AF 0 0.133094 1522 1031 491 179 0 0 179 AF 0 0.136691 1519 1024 495 180 0 0 180 AF 0 0.140288 1673 1123 550 189 0 0 189 AF 0 0.143885 1613 1110 503 209 0 0 209 AF 0 0.147482 1417 946 471 187 0 0 187 AF 0 0.151079 1484 1008 476 195 0 0 195 AF 0 0.154676 1505 1032 473 192 0 0 192 AF 0 0.158273 1555 1072 483 189 0 0 189 AF 0 0.161871 1527 1022 505 181 0 0 181 AF 0 0.165468 1429 950 479 170 0 0 170 AF 0 0.169065 1506 1035 471 163 0 0 163 AF 0 0.172662 1337 908 429 179 0 0 179 AF 0 0.176259 1313 886 427 152 0 0 152 AF 0 0.179856 1299 884 415 162 0 0 162 AF 0 0.183453 1459 987 472 169 0 0 169 AF 0 0.187050 1252 839 413 154 0 0 154 AF 0 0.190647 1282 888 394 165 0 0 165 AF 0 0.194245 1223 848 375 125 0 0 125 AF 0 0.197842 1182 791 391 159 0 0 159 AF 0 0.201439 1121 738 383 132 0 0 132 AF 0 0.205036 1034 708 326 166 0 0 166 AF 0 0.208633 1108 750 358 165 0 0 165 AF 0 0.212230 1311 836 475 156 0 0 156 AF 0 0.215827 1067 704 363 144 0 0 144 AF 0 0.219424 989 647 342 134 0 0 134 AF 0 0.223022 1040 709 331 141 0 0 141 AF 0 0.226619 968 675 293 127 0 0 127 AF 0 0.230216 925 632 293 135 0 0 135 AF 0 0.233813 909 608 301 123 0 0 123 AF 0 0.237410 955 644 311 118 0 0 118 AF 0 0.241007 951 634 317 132 0 0 132 AF 0 0.244604 1238 804 434 155 0 0 155 AF 0 0.248201 1008 673 335 117 0 0 117 AF 0 0.251799 835 568 267 141 0 0 141 AF 0 0.255396 879 574 305 140 0 0 140 AF 0 0.258993 844 553 291 116 0 0 116 AF 0 0.262590 889 584 305 130 0 0 130 AF 0 0.266187 866 580 286 103 0 0 103 AF 0 0.269784 923 590 333 128 0 0 128 AF 0 0.273381 886 586 300 118 0 0 118 AF 0 0.276978 788 527 261 111 0 0 111 AF 0 0.280576 807 550 257 101 0 0 101 AF 0 0.284173 984 660 324 118 0 0 118 AF 0 0.287770 838 570 268 110 0 0 110 AF 0 0.291367 874 607 267 132 0 0 132 AF 0 0.294964 926 651 275 111 0 0 111 AF 0 0.298561 728 489 239 113 0 0 113 AF 0 0.302158 752 504 248 107 0 0 107 AF 0 0.305755 796 544 252 125 0 0 125 AF 0 0.309353 964 650 314 129 0 0 129 AF 0 0.312950 895 628 267 131 0 0 131 AF 0 0.316547 871 620 251 105 0 0 105 AF 0 0.320144 926 634 292 139 0 0 139 AF 0 0.323741 914 627 287 119 0 0 119 AF 0 0.327338 795 551 244 115 0 0 115 AF 0 0.330935 808 544 264 119 0 0 119 AF 0 0.334532 837 554 283 130 0 0 130 AF 0 0.338129 883 626 257 115 0 0 115 AF 0 0.341727 895 623 272 113 0 0 113 AF 0 0.345324 834 563 271 132 0 0 132 AF 0 0.348921 936 619 317 142 0 0 142 AF 0 0.352518 818 577 241 124 0 0 124 AF 0 0.356115 892 590 302 121 0 0 121 AF 0 0.359712 802 550 252 133 0 0 133 AF 0 0.363309 706 499 207 130 0 0 130 AF 0 0.366906 740 486 254 131 0 0 131 AF 0 0.370504 752 513 239 105 0 0 105 AF 0 0.374101 709 483 226 125 0 0 125 AF 0 0.377698 922 593 329 114 0 0 114 AF 0 0.381295 785 525 260 122 0 0 122 AF 0 0.384892 733 489 244 118 0 0 118 AF 0 0.388489 706 496 210 121 0 0 121 AF 0 0.392086 750 499 251 125 0 0 125 AF 0 0.395683 771 534 237 132 0 0 132 AF 0 0.399281 776 509 267 111 0 0 111 AF 0 0.402878 707 493 214 101 0 0 101 AF 0 0.406475 685 448 237 99 0 0 99 AF 0 0.410072 680 470 210 109 0 0 109 AF 0 0.413669 706 473 233 114 0 0 114 AF 0 0.417266 639 438 201 110 0 0 110 AF 0 0.420863 703 470 233 91 0 0 91 AF 0 0.424460 749 523 226 102 0 0 102 AF 0 0.428058 819 558 261 94 0 0 94 AF 0 0.431655 683 488 195 110 0 0 110 AF 0 0.435252 623 426 197 110 0 0 110 AF 0 0.438849 621 425 196 89 0 0 89 AF 0 0.442446 613 423 190 94 0 0 94 AF 0 0.446043 625 409 216 102 0 0 102 AF 0 0.449640 597 402 195 110 0 0 110 AF 0 0.453237 593 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