# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.14.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.14.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 2639599 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 2539149 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 100450 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1725628 813521 2.12 1725628 813521 2.12 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 254606 178206 76400 11289 0 0 11289 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 2048760 1389544 659216 47948 0 0 47948 AF 0 0.003597 98397 68430 29967 6907 0 0 6907 AF 0 0.007194 48027 33220 14807 3788 0 0 3788 AF 0 0.010791 29570 20311 9259 2389 0 0 2389 AF 0 0.014388 20027 13769 6258 1606 0 0 1606 AF 0 0.017986 14696 10098 4598 1321 0 0 1321 AF 0 0.021583 12464 8509 3955 1117 0 0 1117 AF 0 0.025180 10276 7113 3163 956 0 0 956 AF 0 0.028777 8638 5898 2740 857 0 0 857 AF 0 0.032374 7073 4792 2281 694 0 0 694 AF 0 0.035971 6008 4133 1875 585 0 0 585 AF 0 0.039568 5754 3969 1785 567 0 0 567 AF 0 0.043165 4993 3393 1600 531 0 0 531 AF 0 0.046763 4419 2989 1430 489 0 0 489 AF 0 0.050360 4259 2913 1346 424 0 0 424 AF 0 0.053957 3905 2687 1218 362 0 0 362 AF 0 0.057554 3478 2404 1074 377 0 0 377 AF 0 0.061151 3555 2406 1149 355 0 0 355 AF 0 0.064748 3441 2352 1089 340 0 0 340 AF 0 0.068345 2746 1855 891 302 0 0 302 AF 0 0.071942 2785 1891 894 356 0 0 356 AF 0 0.075540 2748 1800 948 316 0 0 316 AF 0 0.079137 2563 1750 813 296 0 0 296 AF 0 0.082734 2495 1655 840 267 0 0 267 AF 0 0.086331 2948 2016 932 311 0 0 311 AF 0 0.089928 2429 1657 772 300 0 0 300 AF 0 0.093525 2302 1583 719 275 0 0 275 AF 0 0.097122 2284 1558 726 236 0 0 236 AF 0 0.100719 2251 1554 697 291 0 0 291 AF 0 0.104317 2082 1456 626 241 0 0 241 AF 0 0.107914 1847 1265 582 244 0 0 244 AF 0 0.111511 1738 1184 554 228 0 0 228 AF 0 0.115108 1808 1231 577 239 0 0 239 AF 0 0.118705 1892 1278 614 209 0 0 209 AF 0 0.122302 1809 1235 574 224 0 0 224 AF 0 0.125899 1821 1260 561 211 0 0 211 AF 0 0.129496 1740 1188 552 200 0 0 200 AF 0 0.133094 1612 1121 491 209 0 0 209 AF 0 0.136691 1802 1251 551 231 0 0 231 AF 0 0.140288 1746 1174 572 218 0 0 218 AF 0 0.143885 1700 1169 531 192 0 0 192 AF 0 0.147482 1698 1168 530 206 0 0 206 AF 0 0.151079 1612 1105 507 187 0 0 187 AF 0 0.154676 1568 1057 511 187 0 0 187 AF 0 0.158273 1465 978 487 162 0 0 162 AF 0 0.161871 1417 940 477 169 0 0 169 AF 0 0.165468 1300 908 392 175 0 0 175 AF 0 0.169065 1291 875 416 166 0 0 166 AF 0 0.172662 1431 968 463 165 0 0 165 AF 0 0.176259 1369 945 424 173 0 0 173 AF 0 0.179856 1452 1000 452 175 0 0 175 AF 0 0.183453 1443 938 505 201 0 0 201 AF 0 0.187050 1457 999 458 190 0 0 190 AF 0 0.190647 1464 995 469 196 0 0 196 AF 0 0.194245 1452 1016 436 165 0 0 165 AF 0 0.197842 1420 926 494 200 0 0 200 AF 0 0.201439 1271 880 391 159 0 0 159 AF 0 0.205036 1175 795 380 158 0 0 158 AF 0 0.208633 1135 787 348 158 0 0 158 AF 0 0.212230 1188 819 369 153 0 0 153 AF 0 0.215827 1231 865 366 156 0 0 156 AF 0 0.219424 1187 808 379 141 0 0 141 AF 0 0.223022 1311 880 431 192 0 0 192 AF 0 0.226619 1262 882 380 167 0 0 167 AF 0 0.230216 1245 856 389 164 0 0 164 AF 0 0.233813 1109 793 316 146 0 0 146 AF 0 0.237410 1109 725 384 152 0 0 152 AF 0 0.241007 1080 732 348 169 0 0 169 AF 0 0.244604 1116 759 357 163 0 0 163 AF 0 0.248201 1114 765 349 144 0 0 144 AF 0 0.251799 1305 880 425 184 0 0 184 AF 0 0.255396 1057 714 343 141 0 0 141 AF 0 0.258993 1027 724 303 148 0 0 148 AF 0 0.262590 1150 753 397 158 0 0 158 AF 0 0.266187 1085 756 329 177 0 0 177 AF 0 0.269784 1008 691 317 169 0 0 169 AF 0 0.273381 1244 830 414 165 0 0 165 AF 0 0.276978 1126 750 376 178 0 0 178 AF 0 0.280576 1009 673 336 145 0 0 145 AF 0 0.284173 1080 713 367 169 0 0 169 AF 0 0.287770 873 614 259 162 0 0 162 AF 0 0.291367 1002 693 309 136 0 0 136 AF 0 0.294964 961 666 295 163 0 0 163 AF 0 0.298561 939 655 284 158 0 0 158 AF 0 0.302158 908 607 301 143 0 0 143 AF 0 0.305755 978 664 314 150 0 0 150 AF 0 0.309353 962 652 310 139 0 0 139 AF 0 0.312950 1034 697 337 135 0 0 135 AF 0 0.316547 1082 748 334 154 0 0 154 AF 0 0.320144 1065 710 355 134 0 0 134 AF 0 0.323741 905 616 289 119 0 0 119 AF 0 0.327338 939 631 308 149 0 0 149 AF 0 0.330935 896 600 296 142 0 0 142 AF 0 0.334532 817 562 255 125 0 0 125 AF 0 0.338129 841 587 254 143 0 0 143 AF 0 0.341727 759 531 228 124 0 0 124 AF 0 0.345324 818 561 257 134 0 0 134 AF 0 0.348921 912 625 287 147 0 0 147 AF 0 0.352518 966 678 288 148 0 0 148 AF 0 0.356115 977 661 316 121 0 0 121 AF 0 0.359712 853 576 277 131 0 0 131 AF 0 0.363309 951 651 300 123 0 0 123 AF 0 0.366906 874 575 299 121 0 0 121 AF 0 0.370504 896 631 265 133 0 0 133 AF 0 0.374101 869 578 291 134 0 0 134 AF 0 0.377698 903 617 286 120 0 0 120 AF 0 0.381295 713 496 217 104 0 0 104 AF 0 0.384892 714 490 224 111 0 0 111 AF 0 0.388489 796 524 272 119 0 0 119 AF 0 0.392086 884 605 279 125 0 0 125 AF 0 0.395683 772 525 247 114 0 0 114 AF 0 0.399281 893 569 324 107 0 0 107 AF 0 0.402878 573 393 180 111 0 0 111 AF 0 0.406475 636 416 220 97 0 0 97 AF 0 0.410072 763 518 245 117 0 0 117 AF 0 0.413669 666 463 203 129 0 0 129 AF 0 0.417266 699 494 205 120 0 0 120 AF 0 0.420863 660 436 224 89 0 0 89 AF 0 0.424460 608 428 180 102 0 0 102 AF 0 0.428058 762 531 231 119 0 0 119 AF 0 0.431655 739 520 219 128 0 0 128 AF 0 0.435252 618 412 206 110 0 0 110 AF 0 0.438849 763 517 246 132 0 0 132 AF 0 0.442446 790 538 252 105 0 0 105 AF 0 0.446043 692 466 226 105 0 0 105 AF 0 0.449640 662 434 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