# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.13.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.13.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 2841429 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 2727881 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 113548 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 1840813 887068 2.08 1840813 887068 2.08 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 273211 190009 83202 12882 0 0 12882 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 2194064 1476268 717796 54761 0 0 54761 AF 0 0.003597 106485 73443 33042 7710 0 0 7710 AF 0 0.007194 50949 35324 15625 4303 0 0 4303 AF 0 0.010791 31776 21843 9933 2764 0 0 2764 AF 0 0.014388 21160 14460 6700 2008 0 0 2008 AF 0 0.017986 15133 10349 4784 1418 0 0 1418 AF 0 0.021583 12144 8274 3870 1218 0 0 1218 AF 0 0.025180 9555 6369 3186 920 0 0 920 AF 0 0.028777 7995 5386 2609 798 0 0 798 AF 0 0.032374 7183 4814 2369 718 0 0 718 AF 0 0.035971 6093 4190 1903 620 0 0 620 AF 0 0.039568 5548 3748 1800 592 0 0 592 AF 0 0.043165 5274 3622 1652 517 0 0 517 AF 0 0.046763 5008 3407 1601 531 0 0 531 AF 0 0.050360 4296 2933 1363 476 0 0 476 AF 0 0.053957 4135 2787 1348 450 0 0 450 AF 0 0.057554 3468 2341 1127 382 0 0 382 AF 0 0.061151 3514 2398 1116 386 0 0 386 AF 0 0.064748 3369 2289 1080 332 0 0 332 AF 0 0.068345 3049 2091 958 381 0 0 381 AF 0 0.071942 3221 2181 1040 371 0 0 371 AF 0 0.075540 3055 2108 947 376 0 0 376 AF 0 0.079137 2856 1918 938 317 0 0 317 AF 0 0.082734 2874 1933 941 332 0 0 332 AF 0 0.086331 2577 1785 792 290 0 0 290 AF 0 0.089928 2620 1757 863 316 0 0 316 AF 0 0.093525 2815 1925 890 283 0 0 283 AF 0 0.097122 2593 1748 845 293 0 0 293 AF 0 0.100719 2252 1521 731 256 0 0 256 AF 0 0.104317 2330 1568 762 243 0 0 243 AF 0 0.107914 1953 1335 618 241 0 0 241 AF 0 0.111511 2239 1513 726 301 0 0 301 AF 0 0.115108 2316 1616 700 258 0 0 258 AF 0 0.118705 1873 1281 592 230 0 0 230 AF 0 0.122302 1897 1292 605 252 0 0 252 AF 0 0.125899 1853 1256 597 218 0 0 218 AF 0 0.129496 1944 1334 610 229 0 0 229 AF 0 0.133094 1763 1208 555 200 0 0 200 AF 0 0.136691 1752 1207 545 220 0 0 220 AF 0 0.140288 1684 1136 548 231 0 0 231 AF 0 0.143885 1848 1255 593 234 0 0 234 AF 0 0.147482 1917 1314 603 249 0 0 249 AF 0 0.151079 1810 1244 566 242 0 0 242 AF 0 0.154676 1893 1270 623 246 0 0 246 AF 0 0.158273 1787 1174 613 212 0 0 212 AF 0 0.161871 1712 1188 524 214 0 0 214 AF 0 0.165468 1853 1288 565 219 0 0 219 AF 0 0.169065 1951 1294 657 226 0 0 226 AF 0 0.172662 1575 1092 483 196 0 0 196 AF 0 0.176259 1448 966 482 204 0 0 204 AF 0 0.179856 1573 1067 506 215 0 0 215 AF 0 0.183453 1518 1008 510 216 0 0 216 AF 0 0.187050 1329 908 421 196 0 0 196 AF 0 0.190647 1360 955 405 196 0 0 196 AF 0 0.194245 1645 1113 532 190 0 0 190 AF 0 0.197842 1275 872 403 178 0 0 178 AF 0 0.201439 1514 1001 513 195 0 0 195 AF 0 0.205036 1436 965 471 202 0 0 202 AF 0 0.208633 1404 945 459 204 0 0 204 AF 0 0.212230 1461 956 505 193 0 0 193 AF 0 0.215827 1284 860 424 167 0 0 167 AF 0 0.219424 1288 871 417 170 0 0 170 AF 0 0.223022 1268 850 418 169 0 0 169 AF 0 0.226619 1176 781 395 157 0 0 157 AF 0 0.230216 1012 709 303 133 0 0 133 AF 0 0.233813 1226 826 400 156 0 0 156 AF 0 0.237410 1101 753 348 156 0 0 156 AF 0 0.241007 1090 723 367 148 0 0 148 AF 0 0.244604 1109 756 353 154 0 0 154 AF 0 0.248201 1126 765 361 149 0 0 149 AF 0 0.251799 1146 770 376 163 0 0 163 AF 0 0.255396 1121 743 378 155 0 0 155 AF 0 0.258993 1237 869 368 143 0 0 143 AF 0 0.262590 1139 768 371 144 0 0 144 AF 0 0.266187 1103 759 344 148 0 0 148 AF 0 0.269784 1111 768 343 154 0 0 154 AF 0 0.273381 1268 847 421 194 0 0 194 AF 0 0.276978 1334 883 451 161 0 0 161 AF 0 0.280576 1051 707 344 175 0 0 175 AF 0 0.284173 953 635 318 160 0 0 160 AF 0 0.287770 1047 713 334 158 0 0 158 AF 0 0.291367 1110 734 376 147 0 0 147 AF 0 0.294964 1145 772 373 163 0 0 163 AF 0 0.298561 1168 783 385 157 0 0 157 AF 0 0.302158 971 678 293 148 0 0 148 AF 0 0.305755 934 619 315 153 0 0 153 AF 0 0.309353 981 665 316 139 0 0 139 AF 0 0.312950 924 622 302 145 0 0 145 AF 0 0.316547 1112 745 367 160 0 0 160 AF 0 0.320144 910 629 281 150 0 0 150 AF 0 0.323741 1033 693 340 140 0 0 140 AF 0 0.327338 1140 757 383 159 0 0 159 AF 0 0.330935 951 641 310 123 0 0 123 AF 0 0.334532 852 577 275 133 0 0 133 AF 0 0.338129 972 679 293 137 0 0 137 AF 0 0.341727 1180 791 389 149 0 0 149 AF 0 0.345324 917 645 272 154 0 0 154 AF 0 0.348921 947 630 317 119 0 0 119 AF 0 0.352518 890 593 297 119 0 0 119 AF 0 0.356115 879 575 304 142 0 0 142 AF 0 0.359712 868 617 251 126 0 0 126 AF 0 0.363309 880 597 283 132 0 0 132 AF 0 0.366906 836 567 269 114 0 0 114 AF 0 0.370504 743 507 236 125 0 0 125 AF 0 0.374101 909 610 299 140 0 0 140 AF 0 0.377698 848 567 281 115 0 0 115 AF 0 0.381295 968 638 330 132 0 0 132 AF 0 0.384892 972 658 314 113 0 0 113 AF 0 0.388489 1002 724 278 168 0 0 168 AF 0 0.392086 1090 719 371 141 0 0 141 AF 0 0.395683 967 671 296 128 0 0 128 AF 0 0.399281 1057 695 362 147 0 0 147 AF 0 0.402878 978 680 298 147 0 0 147 AF 0 0.406475 806 548 258 129 0 0 129 AF 0 0.410072 1012 669 343 131 0 0 131 AF 0 0.413669 770 551 219 137 0 0 137 AF 0 0.417266 851 563 288 132 0 0 132 AF 0 0.420863 930 623 307 141 0 0 141 AF 0 0.424460 965 656 309 127 0 0 127 AF 0 0.428058 787 546 241 114 0 0 114 AF 0 0.431655 787 512 275 118 0 0 118 AF 0 0.435252 720 489 231 89 0 0 89 AF 0 0.438849 749 482 267 123 0 0 123 AF 0 0.442446 827 595 232 122 0 0 122 AF 0 0.446043 747 495 252 121 0 0 121 AF 0 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