# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.12.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.12.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 3845986 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 3698099 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 147887 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 2523431 1174668 2.15 2523431 1174668 2.15 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 363521 255009 108512 16732 0 0 16732 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 2983350 2032306 951044 70890 0 0 70890 AF 0 0.003597 143810 99899 43911 10060 0 0 10060 AF 0 0.007194 72430 50076 22354 5656 0 0 5656 AF 0 0.010791 43075 29814 13261 3493 0 0 3493 AF 0 0.014388 29142 19822 9320 2470 0 0 2470 AF 0 0.017986 22071 15085 6986 2015 0 0 2015 AF 0 0.021583 16421 11204 5217 1483 0 0 1483 AF 0 0.025180 13513 9310 4203 1284 0 0 1284 AF 0 0.028777 11101 7730 3371 1106 0 0 1106 AF 0 0.032374 9326 6384 2942 889 0 0 889 AF 0 0.035971 8703 5927 2776 827 0 0 827 AF 0 0.039568 7737 5314 2423 767 0 0 767 AF 0 0.043165 7211 5020 2191 759 0 0 759 AF 0 0.046763 6357 4336 2021 626 0 0 626 AF 0 0.050360 5523 3814 1709 619 0 0 619 AF 0 0.053957 5375 3655 1720 548 0 0 548 AF 0 0.057554 5374 3676 1698 605 0 0 605 AF 0 0.061151 5304 3660 1644 544 0 0 544 AF 0 0.064748 4901 3390 1511 538 0 0 538 AF 0 0.068345 4829 3321 1508 535 0 0 535 AF 0 0.071942 4247 2939 1308 472 0 0 472 AF 0 0.075540 4067 2821 1246 463 0 0 463 AF 0 0.079137 4229 2895 1334 484 0 0 484 AF 0 0.082734 3728 2555 1173 437 0 0 437 AF 0 0.086331 3594 2411 1183 434 0 0 434 AF 0 0.089928 3296 2240 1056 401 0 0 401 AF 0 0.093525 3174 2186 988 409 0 0 409 AF 0 0.097122 3315 2260 1055 426 0 0 426 AF 0 0.100719 3296 2190 1106 389 0 0 389 AF 0 0.104317 3314 2252 1062 381 0 0 381 AF 0 0.107914 3099 2107 992 386 0 0 386 AF 0 0.111511 2941 2007 934 379 0 0 379 AF 0 0.115108 3148 2169 979 368 0 0 368 AF 0 0.118705 3063 2132 931 395 0 0 395 AF 0 0.122302 3053 2118 935 381 0 0 381 AF 0 0.125899 2723 1867 856 343 0 0 343 AF 0 0.129496 2840 1976 864 317 0 0 317 AF 0 0.133094 2857 1904 953 394 0 0 394 AF 0 0.136691 2643 1812 831 334 0 0 334 AF 0 0.140288 2601 1810 791 355 0 0 355 AF 0 0.143885 2484 1713 771 316 0 0 316 AF 0 0.147482 2402 1671 731 314 0 0 314 AF 0 0.151079 2404 1631 773 320 0 0 320 AF 0 0.154676 2185 1480 705 314 0 0 314 AF 0 0.158273 2688 1841 847 313 0 0 313 AF 0 0.161871 2680 1776 904 292 0 0 292 AF 0 0.165468 2334 1596 738 321 0 0 321 AF 0 0.169065 2341 1585 756 317 0 0 317 AF 0 0.172662 2264 1536 728 266 0 0 266 AF 0 0.176259 2064 1403 661 266 0 0 266 AF 0 0.179856 2008 1347 661 263 0 0 263 AF 0 0.183453 2263 1536 727 310 0 0 310 AF 0 0.187050 1993 1365 628 249 0 0 249 AF 0 0.190647 2078 1413 665 255 0 0 255 AF 0 0.194245 1945 1344 601 246 0 0 246 AF 0 0.197842 1945 1297 648 244 0 0 244 AF 0 0.201439 1791 1248 543 283 0 0 283 AF 0 0.205036 1977 1374 603 289 0 0 289 AF 0 0.208633 1992 1347 645 250 0 0 250 AF 0 0.212230 1851 1282 569 256 0 0 256 AF 0 0.215827 1768 1207 561 236 0 0 236 AF 0 0.219424 1687 1162 525 255 0 0 255 AF 0 0.223022 1559 1048 511 192 0 0 192 AF 0 0.226619 1604 1086 518 196 0 0 196 AF 0 0.230216 1594 1092 502 232 0 0 232 AF 0 0.233813 1577 1094 483 236 0 0 236 AF 0 0.237410 1732 1190 542 230 0 0 230 AF 0 0.241007 1541 1054 487 207 0 0 207 AF 0 0.244604 1552 1071 481 202 0 0 202 AF 0 0.248201 1707 1170 537 213 0 0 213 AF 0 0.251799 1730 1201 529 232 0 0 232 AF 0 0.255396 1574 1058 516 200 0 0 200 AF 0 0.258993 1374 954 420 205 0 0 205 AF 0 0.262590 1627 1123 504 227 0 0 227 AF 0 0.266187 1587 1102 485 216 0 0 216 AF 0 0.269784 1659 1136 523 202 0 0 202 AF 0 0.273381 1651 1158 493 222 0 0 222 AF 0 0.276978 1773 1185 588 222 0 0 222 AF 0 0.280576 1558 1089 469 230 0 0 230 AF 0 0.284173 1382 918 464 213 0 0 213 AF 0 0.287770 1295 859 436 160 0 0 160 AF 0 0.291367 1317 885 432 228 0 0 228 AF 0 0.294964 1356 937 419 196 0 0 196 AF 0 0.298561 1320 887 433 179 0 0 179 AF 0 0.302158 1431 964 467 213 0 0 213 AF 0 0.305755 1542 1036 506 216 0 0 216 AF 0 0.309353 1496 1017 479 225 0 0 225 AF 0 0.312950 1383 970 413 198 0 0 198 AF 0 0.316547 1240 854 386 175 0 0 175 AF 0 0.320144 1237 859 378 193 0 0 193 AF 0 0.323741 1331 863 468 203 0 0 203 AF 0 0.327338 1392 974 418 203 0 0 203 AF 0 0.330935 1229 839 390 203 0 0 203 AF 0 0.334532 1223 820 403 196 0 0 196 AF 0 0.338129 1158 775 383 170 0 0 170 AF 0 0.341727 1415 947 468 186 0 0 186 AF 0 0.345324 1376 919 457 217 0 0 217 AF 0 0.348921 1061 714 347 149 0 0 149 AF 0 0.352518 1199 804 395 165 0 0 165 AF 0 0.356115 1107 733 374 192 0 0 192 AF 0 0.359712 1207 814 393 179 0 0 179 AF 0 0.363309 986 686 300 180 0 0 180 AF 0 0.366906 1053 712 341 168 0 0 168 AF 0 0.370504 970 673 297 169 0 0 169 AF 0 0.374101 1021 681 340 169 0 0 169 AF 0 0.377698 948 652 296 149 0 0 149 AF 0 0.381295 996 684 312 152 0 0 152 AF 0 0.384892 925 628 297 151 0 0 151 AF 0 0.388489 1030 707 323 151 0 0 151 AF 0 0.392086 1035 701 334 181 0 0 181 AF 0 0.395683 1152 798 354 174 0 0 174 AF 0 0.399281 993 673 320 159 0 0 159 AF 0 0.402878 1136 759 377 173 0 0 173 AF 0 0.406475 1088 749 339 152 0 0 152 AF 0 0.410072 985 680 305 174 0 0 174 AF 0 0.413669 1078 716 362 153 0 0 153 AF 0 0.417266 1025 680 345 181 0 0 181 AF 0 0.420863 1002 690 312 142 0 0 142 AF 0 0.424460 887 623 264 154 0 0 154 AF 0 0.428058 917 633 284 172 0 0 172 AF 0 0.431655 938 645 293 149 0 0 149 AF 0 0.435252 1043 711 332 135 0 0 135 AF 0 0.438849 975 656 319 147 0 0 147 AF 0 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