# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.11.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.11.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 4022158 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 3877543 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 144615 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 2621500 1256043 2.09 2621500 1256043 2.09 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 387690 270052 117638 16352 0 0 16352 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 3138400 2118725 1019675 69533 0 0 69533 AF 0 0.003597 150734 104202 46532 10258 0 0 10258 AF 0 0.007194 75720 51904 23816 5605 0 0 5605 AF 0 0.010791 44301 30192 14109 3613 0 0 3613 AF 0 0.014388 30307 20585 9722 2544 0 0 2544 AF 0 0.017986 21798 14998 6800 1835 0 0 1835 AF 0 0.021583 16399 11249 5150 1454 0 0 1454 AF 0 0.025180 13182 8892 4290 1164 0 0 1164 AF 0 0.028777 12543 8488 4055 1138 0 0 1138 AF 0 0.032374 9499 6548 2951 827 0 0 827 AF 0 0.035971 9866 6702 3164 887 0 0 887 AF 0 0.039568 8148 5505 2643 765 0 0 765 AF 0 0.043165 7147 4851 2296 621 0 0 621 AF 0 0.046763 5566 3732 1834 553 0 0 553 AF 0 0.050360 5230 3578 1652 532 0 0 532 AF 0 0.053957 4817 3244 1573 430 0 0 430 AF 0 0.057554 4520 3046 1474 467 0 0 467 AF 0 0.061151 4414 2966 1448 438 0 0 438 AF 0 0.064748 4545 3052 1493 469 0 0 469 AF 0 0.068345 4828 3293 1535 530 0 0 530 AF 0 0.071942 4381 2953 1428 452 0 0 452 AF 0 0.075540 3653 2494 1159 343 0 0 343 AF 0 0.079137 3991 2686 1305 395 0 0 395 AF 0 0.082734 3794 2566 1228 422 0 0 422 AF 0 0.086331 3363 2267 1096 351 0 0 351 AF 0 0.089928 3602 2375 1227 375 0 0 375 AF 0 0.093525 3581 2392 1189 413 0 0 413 AF 0 0.097122 3522 2338 1184 355 0 0 355 AF 0 0.100719 3146 2149 997 379 0 0 379 AF 0 0.104317 3003 2029 974 359 0 0 359 AF 0 0.107914 2946 2002 944 331 0 0 331 AF 0 0.111511 3043 2059 984 329 0 0 329 AF 0 0.115108 3141 2133 1008 357 0 0 357 AF 0 0.118705 2935 2003 932 310 0 0 310 AF 0 0.122302 2759 1888 871 316 0 0 316 AF 0 0.125899 2849 1928 921 304 0 0 304 AF 0 0.129496 2729 1856 873 311 0 0 311 AF 0 0.133094 2767 1878 889 293 0 0 293 AF 0 0.136691 2516 1723 793 296 0 0 296 AF 0 0.140288 2629 1812 817 322 0 0 322 AF 0 0.143885 2591 1764 827 256 0 0 256 AF 0 0.147482 2445 1637 808 274 0 0 274 AF 0 0.151079 2499 1679 820 261 0 0 261 AF 0 0.154676 2392 1607 785 297 0 0 297 AF 0 0.158273 2575 1751 824 307 0 0 307 AF 0 0.161871 2310 1554 756 284 0 0 284 AF 0 0.165468 2188 1499 689 279 0 0 279 AF 0 0.169065 2186 1512 674 254 0 0 254 AF 0 0.172662 2327 1576 751 252 0 0 252 AF 0 0.176259 2208 1498 710 239 0 0 239 AF 0 0.179856 2015 1383 632 235 0 0 235 AF 0 0.183453 1883 1277 606 259 0 0 259 AF 0 0.187050 2177 1476 701 252 0 0 252 AF 0 0.190647 1924 1290 634 243 0 0 243 AF 0 0.194245 2047 1377 670 229 0 0 229 AF 0 0.197842 2006 1297 709 250 0 0 250 AF 0 0.201439 2277 1521 756 245 0 0 245 AF 0 0.205036 2047 1385 662 263 0 0 263 AF 0 0.208633 1794 1246 548 245 0 0 245 AF 0 0.212230 1905 1277 628 250 0 0 250 AF 0 0.215827 1885 1284 601 231 0 0 231 AF 0 0.219424 1861 1227 634 239 0 0 239 AF 0 0.223022 1805 1219 586 230 0 0 230 AF 0 0.226619 1866 1296 570 231 0 0 231 AF 0 0.230216 1514 1031 483 193 0 0 193 AF 0 0.233813 1585 1078 507 215 0 0 215 AF 0 0.237410 1705 1142 563 215 0 0 215 AF 0 0.241007 1617 1067 550 220 0 0 220 AF 0 0.244604 1549 1015 534 230 0 0 230 AF 0 0.248201 1671 1108 563 213 0 0 213 AF 0 0.251799 1654 1120 534 246 0 0 246 AF 0 0.255396 1612 1111 501 210 0 0 210 AF 0 0.258993 1505 978 527 215 0 0 215 AF 0 0.262590 1476 979 497 202 0 0 202 AF 0 0.266187 1635 1088 547 217 0 0 217 AF 0 0.269784 1349 925 424 184 0 0 184 AF 0 0.273381 1352 906 446 188 0 0 188 AF 0 0.276978 1515 997 518 205 0 0 205 AF 0 0.280576 1440 986 454 178 0 0 178 AF 0 0.284173 1365 949 416 188 0 0 188 AF 0 0.287770 1377 934 443 187 0 0 187 AF 0 0.291367 1340 918 422 201 0 0 201 AF 0 0.294964 1368 898 470 172 0 0 172 AF 0 0.298561 1390 967 423 204 0 0 204 AF 0 0.302158 1431 952 479 192 0 0 192 AF 0 0.305755 1486 997 489 207 0 0 207 AF 0 0.309353 1368 913 455 162 0 0 162 AF 0 0.312950 1276 860 416 178 0 0 178 AF 0 0.316547 1413 963 450 187 0 0 187 AF 0 0.320144 1357 913 444 182 0 0 182 AF 0 0.323741 1496 1000 496 188 0 0 188 AF 0 0.327338 1431 965 466 194 0 0 194 AF 0 0.330935 1276 858 418 168 0 0 168 AF 0 0.334532 1217 814 403 170 0 0 170 AF 0 0.338129 1261 880 381 166 0 0 166 AF 0 0.341727 1341 903 438 187 0 0 187 AF 0 0.345324 1263 872 391 192 0 0 192 AF 0 0.348921 1203 787 416 162 0 0 162 AF 0 0.352518 1416 942 474 181 0 0 181 AF 0 0.356115 1197 824 373 161 0 0 161 AF 0 0.359712 1111 743 368 177 0 0 177 AF 0 0.363309 1176 787 389 159 0 0 159 AF 0 0.366906 1203 800 403 149 0 0 149 AF 0 0.370504 1263 823 440 145 0 0 145 AF 0 0.374101 1135 744 391 158 0 0 158 AF 0 0.377698 1111 746 365 178 0 0 178 AF 0 0.381295 971 682 289 161 0 0 161 AF 0 0.384892 1045 697 348 143 0 0 143 AF 0 0.388489 1037 711 326 171 0 0 171 AF 0 0.392086 1056 693 363 142 0 0 142 AF 0 0.395683 1111 731 380 160 0 0 160 AF 0 0.399281 949 634 315 143 0 0 143 AF 0 0.402878 906 586 320 148 0 0 148 AF 0 0.406475 982 674 308 137 0 0 137 AF 0 0.410072 935 628 307 142 0 0 142 AF 0 0.413669 1013 706 307 141 0 0 141 AF 0 0.417266 915 617 298 128 0 0 128 AF 0 0.420863 1116 773 343 164 0 0 164 AF 0 0.424460 1098 764 334 150 0 0 150 AF 0 0.428058 1042 671 371 143 0 0 143 AF 0 0.431655 1042 704 338 130 0 0 130 AF 0 0.435252 1102 788 314 149 0 0 149 AF 0 0.438849 953 627 326 137 0 0 137 AF 0 0.442446 1068 679 389 163 0 0 163 AF 0 0.446043 981 666 315 144 0 0 144 AF 0 0.449640 909 625 284 137 0 0 137 AF 0 0.453237 1054 694 360 157 0 0 157 AF 0 0.456835 1029 704 325 113 0 0 113 AF 0 0.460432 956 673 283 142 0 0 142 AF 0 0.464029 1023 685 338 146 0 0 146 AF 0 0.467626 941 630 311 139 0 0 139 AF 0 0.471223 1058 703 355 166 0 0 166 AF 0 0.474820 1117 758 359 129 0 0 129 AF 0 0.478417 888 567 321 118 0 0 118 AF 0 0.482014 930 616 314 116 0 0 116 AF 0 0.485612 1095 755 340 133 0 0 133 AF 0 0.489209 1098 728 370 168 0 0 168 AF 0 0.492806 981 661 320 161 0 0 161 AF 0 0.496403 1665 1073 592 219 0 0 219 AF 0 0.500000 906 604 302 125 0 0 125 AF 0 0.503597 865 596 269 121 0 0 121 AF 0 0.507194 934 617 317 153 0 0 153 AF 0 0.510791 935 616 319 139 0 0 139 AF 0 0.514388 1021 688 333 153 0 0 153 AF 0 0.517986 948 648 300 112 0 0 112 AF 0 0.521583 770 534 236 118 0 0 118 AF 0 0.525180 859 581 278 112 0 0 112 AF 0 0.528777 861 584 277 126 0 0 126 AF 0 0.532374 754 495 259 116 0 0 116 AF 0 0.535971 858 571 287 142 0 0 142 AF 0 0.539568 858 585 273 117 0 0 117 AF 0 0.543165 987 657 330 141 0 0 141 AF 0 0.546763 914 618 296 127 0 0 127 AF 0 0.550360 757 526 231 110 0 0 110 AF 0 0.553957 745 492 253 128 0 0 128 AF 0 0.557554 830 556 274 114 0 0 114 AF 0 0.561151 790 528 262 116 0 0 116 AF 0 0.564748 853 592 261 118 0 0 118 AF 0 0.568345 731 505 226 107 0 0 107 AF 0 0.571942 814 548 266 116 0 0 116 AF 0 0.575540 756 541 215 116 0 0 116 AF 0 0.579137 764 513 251 122 0 0 122 AF 0 0.582734 775 512 263 114 0 0 114 AF 0 0.586331 691 460 231 100 0 0 100 AF 0 0.589928 933 634 299 115 0 0 115 AF 0 0.593525 775 513 262 111 0 0 111 AF 0 0.597122 742 499 243 105 0 0 105 AF 0 0.600719 646 441 205 101 0 0 101 AF 0 0.604317 695 461 234 121 0 0 121 AF 0 0.607914 745 484 261 114 0 0 114 AF 0 0.611511 708 479 229 124 0 0 124 AF 0 0.615108 802 550 252 127 0 0 127 AF 0 0.618705 844 552 292 120 0 0 120 AF 0 0.622302 652 420 232 108 0 0 108 AF 0 0.625899 675 464 211 100 0 0 100 AF 0 0.629496 699 466 233 114 0 0 114 AF 0 0.633094 667 440 227 93 0 0 93 AF 0 0.636691 790 557 233 118 0 0 118 AF 0 0.640288 802 537 265 122 0 0 122 AF 0 0.643885 716 502 214 111 0 0 111 AF 0 0.647482 663 452 211 118 0 0 118 AF 0 0.651079 804 536 268 114 0 0 114 AF 0 0.654676 783 518 265 105 0 0 105 AF 0 0.658273 805 534 271 124 0 0 124 AF 0 0.661871 603 419 184 101 0 0 101 AF 0 0.665468 708 475 233 128 0 0 128 AF 0 0.669065 777 521 256 107 0 0 107 AF 0 0.672662 657 468 189 109 0 0 109 AF 0 0.676259 720 500 220 98 0 0 98 AF 0 0.679856 618 417 201 101 0 0 101 AF 0 0.683453 768 515 253 110 0 0 110 AF 0 0.687050 755 479 276 116 0 0 116 AF 0 0.690647 823 549 274 107 0 0 107 AF 0 0.694245 611 412 199 77 0 0 77 AF 0 0.697842 663 417 246 81 0 0 81 AF 0 0.701439 559 367 192 95 0 0 95 AF 0 0.705036 554 364 190 100 0 0 100 AF 0 0.708633 546 369 177 92 0 0 92 AF 0 0.712230 597 409 188 102 0 0 102 AF 0 0.715827 516 372 144 92 0 0 92 AF 0 0.719424 601 395 206 112 0 0 112 AF 0 0.723022 785 538 247 115 0 0 115 AF 0 0.726619 652 442 210 80 0 0 80 AF 0 0.730216 667 435 232 89 0 0 89 AF 0 0.733813 673 447 226 104 0 0 104 AF 0 0.737410 675 464 211 84 0 0 84 AF 0 0.741007 620 408 212 82 0 0 82 AF 0 0.744604 678 455 223 83 0 0 83 AF 0 0.748201 614 422 192 101 0 0 101 AF 0 0.751799 635 410 225 69 0 0 69 AF 0 0.755396 584 402 182 91 0 0 91 AF 0 0.758993 545 344 201 89 0 0 89 AF 0 0.762590 579 397 182 70 0 0 70 AF 0 0.766187 519 350 169 73 0 0 73 AF 0 0.769784 618 413 205 91 0 0 91 AF 0 0.773381 642 448 194 64 0 0 64 AF 0 0.776978 546 380 166 76 0 0 76 AF 0 0.780576 530 367 163 80 0 0 80 AF 0 0.784173 519 363 156 68 0 0 68 AF 0 0.787770 511 332 179 92 0 0 92 AF 0 0.791367 580 407 173 69 0 0 69 AF 0 0.794964 544 370 174 72 0 0 72 AF 0 0.798561 449 305 144 87 0 0 87 AF 0 0.802158 468 324 144 89 0 0 89 AF 0 0.805755 460 315 145 70 0 0 70 AF 0 0.809353 543 373 170 74 0 0 74 AF 0 0.812950 482 312 170 72 0 0 72 AF 0 0.816547 472 327 145 76 0 0 76 AF 0 0.820144 485 316 169 78 0 0 78 AF 0 0.823741 509 337 172 88 0 0 88 AF 0 0.827338 513 349 164 89 0 0 89 AF 0 0.830935 495 325 170 76 0 0 76 AF 0 0.834532 421 292 129 87 0 0 87 AF 0 0.838129 332 236 96 67 0 0 67 AF 0 0.841727 459 307 152 55 0 0 55 AF 0 0.845324 434 307 127 76 0 0 76 AF 0 0.848921 559 405 154 94 0 0 94 AF 0 0.852518 508 322 186 82 0 0 82 AF 0 0.856115 599 396 203 90 0 0 90 AF 0 0.859712 517 341 176 74 0 0 74 AF 0 0.863309 567 381 186 85 0 0 85 AF 0 0.866906 527 350 177 75 0 0 75 AF 0 0.870504 513 343 170 73 0 0 73 AF 0 0.874101 429 288 141 62 0 0 62 AF 0 0.877698 391 263 128 60 0 0 60 AF 0 0.881295 441 300 141 57 0 0 57 AF 0 0.884892 468 315 153 80 0 0 80 AF 0 0.888489 518 350 168 56 0 0 56 AF 0 0.892086 417 277 140 68 0 0 68 AF 0 0.895683 502 329 173 85 0 0 85 AF 0 0.899281 454 293 161 66 0 0 66 AF 0 0.902878 571 363 208 84 0 0 84 AF 0 0.906475 597 390 207 110 0 0 110 AF 0 0.910072 522 351 171 78 0 0 78 AF 0 0.913669 513 334 179 88 0 0 88 AF 0 0.917266 421 291 130 74 0 0 74 AF 0 0.920863 496 362 134 74 0 0 74 AF 0 0.924460 470 303 167 80 0 0 80 AF 0 0.928058 621 425 196 98 0 0 98 AF 0 0.931655 477 319 158 61 0 0 61 AF 0 0.935252 607 410 197 92 0 0 92 AF 0 0.938849 390 246 144 62 0 0 62 AF 0 0.942446 505 347 158 85 0 0 85 AF 0 0.946043 470 312 158 71 0 0 71 AF 0 0.949640 496 334 162 84 0 0 84 AF 0 0.953237 477 330 147 85 0 0 85 AF 0 0.956835 586 418 168 84 0 0 84 AF 0 0.960432 473 330 143 93 0 0 93 AF 0 0.964029 559 392 167 99 0 0 99 AF 0 0.967626 646 444 202 98 0 0 98 AF 0 0.971223 690 473 217 93 0 0 93 AF 0 0.974820 943 670 273 148 0 0 148 AF 0 0.978417 935 646 289 135 0 0 135 AF 0 0.982014 1304 881 423 163 0 0 163 AF 0 0.985612 1509 1048 461 184 0 0 184 AF 0 0.989209 1903 1316 587 223 0 0 223 AF 0 0.992806 3157 2065 1092 326 0 0 326 AF 0 0.996403 3516 1973 1543 1207 0 0 1207 # QUAL, Stats by quality: # QUAL [2]id [3]Quality [4]number of SNPs [5]number of transitions (1st ALT) [6]number of transversions (1st ALT) [7]number of indels QUAL 0 998 3877543 2621500 1256043 144615 # IDD, InDel distribution: # IDD [2]id [3]length (deletions negative) [4]count IDD 0 -60 20 IDD 0 -59 2 IDD 0 -58 1 IDD 0 -57 4 IDD 0 -56 3 IDD 0 -55 3 IDD 0 -54 5 IDD 0 -53 5 IDD 0 -52 3 IDD 0 -51 3 IDD 0 -50 8 IDD 0 -49 9 IDD 0 -48 3 IDD 0 -47 1 IDD 0 -46 10 IDD 0 -45 8 IDD 0 -44 11 IDD 0 -43 9 IDD 0 -42 7 IDD 0 -41 15 IDD 0 -40 22 IDD 0 -39 13 IDD 0 -38 19 IDD 0 -37 11 IDD 0 -36 23 IDD 0 -35 19 IDD 0 -34 30 IDD 0 -33 21 IDD 0 -32 41 IDD 0 -31 32 IDD 0 -30 52 IDD 0 -29 34 IDD 0 -28 68 IDD 0 -27 68 IDD 0 -26 94 IDD 0 -25 107 IDD 0 -24 113 IDD 0 -23 107 IDD 0 -22 130 IDD 0 -21 130 IDD 0 -20 210 IDD 0 -19 174 IDD 0 -18 263 IDD 0 -17 248 IDD 0 -16 371 IDD 0 -15 321 IDD 0 -14 426 IDD 0 -13 459 IDD 0 -12 770 IDD 0 -11 595 IDD 0 -10 810 IDD 0 -9 706 IDD 0 -8 1140 IDD 0 -7 1011 IDD 0 -6 1938 IDD 0 -5 3752 IDD 0 -4 11009 IDD 0 -3 9361 IDD 0 -2 14979 IDD 0 -1 43470 IDD 0 1 32005 IDD 0 2 6691 IDD 0 3 2881 IDD 0 4 3980 IDD 0 5 1303 IDD 0 6 867 IDD 0 7 459 IDD 0 8 681 IDD 0 9 353 IDD 0 10 289 IDD 0 11 162 IDD 0 12 243 IDD 0 13 108 IDD 0 14 100 IDD 0 15 117 IDD 0 16 148 IDD 0 17 92 IDD 0 18 95 IDD 0 19 66 IDD 0 20 95 IDD 0 21 70 IDD 0 22 51 IDD 0 23 43 IDD 0 24 65 IDD 0 25 29 IDD 0 26 30 IDD 0 27 27 IDD 0 28 28 IDD 0 29 15 IDD 0 30 22 IDD 0 31 18 IDD 0 32 20 IDD 0 33 13 IDD 0 34 13 IDD 0 35 12 IDD 0 36 10 IDD 0 37 12 IDD 0 38 7 IDD 0 39 5 IDD 0 40 10 IDD 0 41 5 IDD 0 42 9 IDD 0 43 5 IDD 0 44 8 IDD 0 45 4 IDD 0 46 7 IDD 0 47 7 IDD 0 48 8 IDD 0 49 1 IDD 0 50 1 IDD 0 51 1 IDD 0 52 4 IDD 0 53 3 IDD 0 54 5 IDD 0 56 2 IDD 0 58 3 IDD 0 59 3 IDD 0 60 27 # ST, Substitution types: # ST [2]id [3]type [4]count ST 0 A>C 138910 ST 0 A>G 523829 ST 0 A>T 133464 ST 0 C>A 189360 ST 0 C>G 165652 ST 0 C>T 787471 ST 0 G>A 783320 ST 0 G>C 166693 ST 0 G>T 188731 ST 0 T>A 133352 ST 0 T>C 526880 ST 0 T>G 139881 # DP, Depth distribution # DP [2]id [3]bin [4]number of genotypes [5]fraction of genotypes (%) [6]number of sites [7]fraction of sites (%)