# This file was produced by bcftools stats (1.9+htslib-1.9) and can be plotted using plot-vcfstats. # The command line was: bcftools stats chr.sgdp.pub.10.bcf # # Definition of sets: # ID [2]id [3]tab-separated file names ID 0 chr.sgdp.pub.10.bcf # SN, Summary numbers: # number of records .. number of data rows in the VCF # number of no-ALTs .. reference-only sites, ALT is either "." or identical to REF # number of SNPs .. number of rows with a SNP # number of MNPs .. number of rows with a MNP, such as CC>TT # number of indels .. number of rows with an indel # number of others .. number of rows with other type, for example a symbolic allele or # a complex substitution, such as ACT>TCGA # number of multiallelic sites .. number of rows with multiple alternate alleles # number of multiallelic SNP sites .. number of rows with multiple alternate alleles, all SNPs # # Note that rows containing multiple types will be counted multiple times, in each # counter. For example, a row with a SNP and an indel increments both the SNP and # the indel counter. # # SN [2]id [3]key [4]value SN 0 number of samples: 278 SN 0 number of records: 3969224 SN 0 number of no-ALTs: 0 SN 0 number of SNPs: 3823786 SN 0 number of MNPs: 0 SN 0 number of indels: 145438 SN 0 number of others: 0 SN 0 number of multiallelic sites: 0 SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0 # TSTV, transitions/transversions: # TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT) TSTV 0 2609163 1214623 2.15 2609163 1214623 2.15 # SiS, Singleton stats: # SiS [2]id [3]allele count [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable SiS 0 1 385482 270466 115016 16246 0 0 16246 # AF, Stats by non-reference allele frequency: # AF [2]id [3]allele frequency [4]number of SNPs [5]number of transitions [6]number of transversions [7]number of indels [8]repeat-consistent [9]repeat-inconsistent [10]not applicable AF 0 0.000000 3076464 2095571 980893 69838 0 0 69838 AF 0 0.003597 149306 103682 45624 9573 0 0 9573 AF 0 0.007194 72363 50178 22185 5200 0 0 5200 AF 0 0.010791 43296 29948 13348 3239 0 0 3239 AF 0 0.014388 28864 19882 8982 2267 0 0 2267 AF 0 0.017986 22904 15686 7218 1881 0 0 1881 AF 0 0.021583 17393 12070 5323 1592 0 0 1592 AF 0 0.025180 15074 10309 4765 1393 0 0 1393 AF 0 0.028777 11657 8085 3572 1081 0 0 1081 AF 0 0.032374 10506 7155 3351 956 0 0 956 AF 0 0.035971 9440 6476 2964 824 0 0 824 AF 0 0.039568 8773 6034 2739 824 0 0 824 AF 0 0.043165 7414 5039 2375 667 0 0 667 AF 0 0.046763 6456 4348 2108 648 0 0 648 AF 0 0.050360 6121 4154 1967 592 0 0 592 AF 0 0.053957 5668 3849 1819 545 0 0 545 AF 0 0.057554 5588 3822 1766 513 0 0 513 AF 0 0.061151 5107 3523 1584 495 0 0 495 AF 0 0.064748 4741 3287 1454 502 0 0 502 AF 0 0.068345 4653 3193 1460 433 0 0 433 AF 0 0.071942 4666 3183 1483 466 0 0 466 AF 0 0.075540 4652 3213 1439 478 0 0 478 AF 0 0.079137 4195 2868 1327 401 0 0 401 AF 0 0.082734 4149 2798 1351 427 0 0 427 AF 0 0.086331 3965 2717 1248 402 0 0 402 AF 0 0.089928 3692 2522 1170 366 0 0 366 AF 0 0.093525 3713 2523 1190 382 0 0 382 AF 0 0.097122 3492 2373 1119 349 0 0 349 AF 0 0.100719 3851 2568 1283 460 0 0 460 AF 0 0.104317 3644 2489 1155 412 0 0 412 AF 0 0.107914 3251 2192 1059 375 0 0 375 AF 0 0.111511 3333 2253 1080 370 0 0 370 AF 0 0.115108 3119 2129 990 328 0 0 328 AF 0 0.118705 3138 2144 994 323 0 0 323 AF 0 0.122302 3247 2218 1029 385 0 0 385 AF 0 0.125899 3192 2166 1026 324 0 0 324 AF 0 0.129496 2999 2059 940 353 0 0 353 AF 0 0.133094 2828 1927 901 324 0 0 324 AF 0 0.136691 2949 1998 951 341 0 0 341 AF 0 0.140288 2735 1843 892 338 0 0 338 AF 0 0.143885 2865 1923 942 306 0 0 306 AF 0 0.147482 2535 1744 791 288 0 0 288 AF 0 0.151079 2658 1800 858 336 0 0 336 AF 0 0.154676 2747 1902 845 345 0 0 345 AF 0 0.158273 2518 1732 786 313 0 0 313 AF 0 0.161871 2433 1648 785 284 0 0 284 AF 0 0.165468 2352 1601 751 301 0 0 301 AF 0 0.169065 2317 1585 732 297 0 0 297 AF 0 0.172662 2374 1661 713 312 0 0 312 AF 0 0.176259 2287 1574 713 296 0 0 296 AF 0 0.179856 2220 1467 753 270 0 0 270 AF 0 0.183453 2208 1520 688 256 0 0 256 AF 0 0.187050 2115 1422 693 256 0 0 256 AF 0 0.190647 2217 1531 686 248 0 0 248 AF 0 0.194245 2101 1472 629 259 0 0 259 AF 0 0.197842 2131 1424 707 263 0 0 263 AF 0 0.201439 2049 1403 646 262 0 0 262 AF 0 0.205036 1891 1293 598 232 0 0 232 AF 0 0.208633 1909 1295 614 252 0 0 252 AF 0 0.212230 2149 1487 662 263 0 0 263 AF 0 0.215827 1961 1350 611 257 0 0 257 AF 0 0.219424 1849 1247 602 217 0 0 217 AF 0 0.223022 1915 1318 597 228 0 0 228 AF 0 0.226619 1723 1158 565 250 0 0 250 AF 0 0.230216 1819 1221 598 246 0 0 246 AF 0 0.233813 1826 1245 581 208 0 0 208 AF 0 0.237410 1760 1163 597 231 0 0 231 AF 0 0.241007 1647 1102 545 206 0 0 206 AF 0 0.244604 1494 1012 482 204 0 0 204 AF 0 0.248201 1642 1137 505 248 0 0 248 AF 0 0.251799 1557 1054 503 220 0 0 220 AF 0 0.255396 1520 1024 496 211 0 0 211 AF 0 0.258993 1506 1037 469 202 0 0 202 AF 0 0.262590 1706 1157 549 197 0 0 197 AF 0 0.266187 1550 1049 501 220 0 0 220 AF 0 0.269784 1412 943 469 208 0 0 208 AF 0 0.273381 1364 928 436 202 0 0 202 AF 0 0.276978 1346 936 410 189 0 0 189 AF 0 0.280576 1555 1071 484 242 0 0 242 AF 0 0.284173 1542 1063 479 182 0 0 182 AF 0 0.287770 1587 1091 496 224 0 0 224 AF 0 0.291367 1466 1002 464 194 0 0 194 AF 0 0.294964 1428 966 462 208 0 0 208 AF 0 0.298561 1452 1000 452 188 0 0 188 AF 0 0.302158 1562 1096 466 187 0 0 187 AF 0 0.305755 1496 1018 478 192 0 0 192 AF 0 0.309353 1386 967 419 204 0 0 204 AF 0 0.312950 1409 997 412 206 0 0 206 AF 0 0.316547 1441 976 465 161 0 0 161 AF 0 0.320144 1503 1055 448 196 0 0 196 AF 0 0.323741 1510 1001 509 223 0 0 223 AF 0 0.327338 1393 943 450 204 0 0 204 AF 0 0.330935 1157 781 376 188 0 0 188 AF 0 0.334532 1338 943 395 170 0 0 170 AF 0 0.338129 1290 883 407 199 0 0 199 AF 0 0.341727 1268 909 359 178 0 0 178 AF 0 0.345324 1346 930 416 208 0 0 208 AF 0 0.348921 1325 924 401 187 0 0 187 AF 0 0.352518 1147 792 355 159 0 0 159 AF 0 0.356115 1162 794 368 172 0 0 172 AF 0 0.359712 1163 785 378 186 0 0 186 AF 0 0.363309 1159 817 342 168 0 0 168 AF 0 0.366906 1310 882 428 176 0 0 176 AF 0 0.370504 1221 862 359 179 0 0 179 AF 0 0.374101 1263 861 402 172 0 0 172 AF 0 0.377698 1136 779 357 156 0 0 156 AF 0 0.381295 1346 894 452 192 0 0 192 AF 0 0.384892 1036 736 300 165 0 0 165 AF 0 0.388489 1095 734 361 166 0 0 166 AF 0 0.392086 1079 750 329 153 0 0 153 AF 0 0.395683 1082 719 363 148 0 0 148 AF 0 0.399281 1087 731 356 182 0 0 182 AF 0 0.402878 1101 743 358 171 0 0 171 AF 0 0.406475 1014 690 324 188 0 0 188 AF 0 0.410072 1079 758 321 181 0 0 181 AF 0 0.413669 1014 693 321 152 0 0 152 AF 0 0.417266 1100 734 366 179 0 0 179 AF 0 0.420863 1009 697 312 182 0 0 182 AF 0 0.424460 1020 714 306 160 0 0 160 AF 0 0.428058 1096 753 343 176 0 0 176 AF 0 0.431655 1186 806 380 152 0 0 152 AF 0 0.435252 1273 842 431 158 0 0 158 AF 0 0.438849 1196 806 390 165 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